Reading input alignment file to find conserved blocks of secondary structure

The input structure based alignment from Comparer
_____________________________________________

>P1;d1j8mf1
----------CHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCC---

>P1;d1ls1a1
------CCHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCC---

>P1;d1okkd1
---CCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHC------CCCCCHHHHHHHHHHHHCCC------------------------------

>P1;d1wgwa1
--------CHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCC---

>P1;d6n9ba1
CHHHHHHCHHHHCCCHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHC----CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCC----CHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCC
PSA

>P1;d1j8mf1
----------17a8085218702849571861156006503620683a17886086006504622764824aa4861510050064006515a3---

>P1;d1ls1a1
------97b70262086004604c57508682044006204600351a2867605700350263049480372780042056006503354792---

>P1;d1okkd1
---b142b875a7016304640386a399a40750064058------2d4a7155005653883889------------------------------

>P1;d1wgwa1
--------b95973057007604c2a805672077008601400341a26763054054303760519807909b1274038006503a73847---

>P1;d6n9ba1
99a767756953651942066106a4916b9008404610370----a19793066018505610864a29----505504810882277386689a


Translating the sequences
----------*HHHHHHHHHHHHCCCCC*HHHHHHHHHHHHHHHH*CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCC---
------*C*HHHHHHHHHHH***CCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHH*CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCC---
---****C**HHHHHHHHHHHHH*CCCC*HHHHHHHHHHH*------CCC**HHHHHHHHHHHH***------------------------------
--------*HHHHHHHHHHHHHH*CCCCCHHHHHHHHHHHHHHHH*CCCCHHHHHHHHHHHHH****CCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHH*CCC---
*******C*HHH***HHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHH*----CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCC----*HHHHHHHHHHHHHHH**C***

47364.tem
_________________________________
------*C*HHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHH*CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCC---




Structural block scores
0	5	-	4.2	M	  75.0  75.0  40.2  75.0  8.1

9	22	H	4.7	H	  9.6  3.2  4.0  4.4  4.1

23	28	C	4.6	H	  5.7  6.2  7.6  6.3  6.1

29	44	H	4.8	H	  3.4  2.8  21.8  3.2  12.7

46	49	C	4.8	H	  5.4  5.4  23.6  4.9  23.9

50	66	H	4.7	H	  4.4  3.7  5.4  3.5  4.2

67	74	C	4.3	M	  6.4  4.9  75.0  6.7  40.7

75	90	H	4.4	M	  2.5  2.7  75.0  3.7  4.1

91	93	C	4.2	M	  6.2  6.0  75.0  6.3  6.7

94	96	-	4.5	M	  75.0  75.0  75.0  75.0  9.2

>>>>>>