Reading input alignment file to find conserved blocks of secondary structure The input structure based alignment from Comparer _____________________________________________ >P1;d1alua- -----------------CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH---HCCCC-------------CCC----CCCHHHCCCCCCCCCC-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC-----C-------CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCC----CCCCCCHHHHHHHHHHHHCC--C----HHHHHHHHHHHHHH---HHHHHH-HHHHHHCCC------------------ >P1;d1au1a- ------------------CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCC---CCCCHHHHHCC---------------CCCCCHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHCCC------------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCC--------------CCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCC----- >P1;d1ax8a- --------------------CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCC------------------------CCCCCCCC-----------------CCHHHHHHHHHHHHHHHHCCC--------------CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC-CCCCCCCCCCCHHHHHH-HHCCC--------CCCHHHHHHHH---HHHHHH-HHHHHHHHCCCC--------------- >P1;d1bgca- ------------CC---HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH---HC----CCCCCHHH--C---CCCCCCCCCHHH--CCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCC------------CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCC--------CCCC---------CCC-C----HHHHHHHHHHHHHH---HHHHHH-HHHHHHHHCC----------------- >P1;d1cnt1- -----------CCH---HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH---CC----CC----------------------C-----CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCC----CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC------CCCCC---------CCCCC----CHHHHHHHHHHHHH---HHHHHH-HHHHHHHHHHCCC-C------CCC--- >P1;d1eera- ----------------CCCCHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC---C----------CCCEEE---EEEEECCCCCCHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC----CCCCCC-CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHCCCCCCCCCC----C-CEEEEE-----------HHHHHHH---HHHHHHCHHHHHHHHHHCCC-C------------ >P1;d1evsa- ----------CCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHC-CHHHCHHHHHHH---CC----CCCHHHHC------CCCCCCCCCCCHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCC--CCC--------------------------HHHHHHHHHHH---HHHHHH-HHHHHHHHHHCC--------------- >P1;d1f45b- ------------------C---HHHHHHHHHHHHHHH----HHHHCCCCHHHHCCCHHHHHCC------------CCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCC---------CC---CCCCHHHHHHHHHHHHHHHCC----------------------------------HHHHHHHHHHHH---HHHHHH-HHHHHHHHHHCC--------------- >P1;d1hula- -------------------------CCHHHHHHHHHHHHHHCH-----HHHHCC---------------------C-------CCCCCCCCCCCHHHCHHHHHHHHHHHHCCCCCC-------------CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-----------CC-----------------CCCCCCHHHHHHHHHH---HHHHHH------HCCC------------------ >P1;d1huwa- -----------CCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH---HCCHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCCCCHHHHH--CCCHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHH-----HCC--CCCCCCC--CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC--------------------------------CHHHHHHHHHH---HHHHHH-HHHHHHHHHHHHCCC-------CCCCC >P1;d1i1rb- -----------------CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH---HCCCCCCCCCC--CCCCCCCC----CCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC-----C-------CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCC--CCHHHHHHHCCC--C----CCHHHHHHHHHHHH---HHHHHH-HHHHHHHCCC----------------- >P1;d1lkia- ---CEEHHHCCCCC---CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH---HC----CCCHHHHH--H---HCCCCCCCCCCC--CCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HCC----CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCC--CCEECCCC---------CCCCC----CCCHHHHHHHHHHH---HHHHHH-HHHHHHCCC------------------ >P1;d1n1fa- ---------------CCCCCCCCCCHHHHCCHHHHHH--HHHC-----CCCCCC---------------------CCCC-HHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHCCCC--------CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC---------CCCHHHHHHHHHHH------HHHHHCCHHHHHHHHHHC---HHHHHH-HHHHHCCCCCCC--------------- >P1;d1scfa- ---------------------------------CHHHHHHHCCC---------------------CCCEEECCCCC------------CCCHHHCCCCCHHHHHHHHHHHCCCCCCCC--------C--CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC-----------------CC---EEEC------------CHHHHHHH---HHHHHH-CCCCCCC------------CCCCCCCC >P1;d1v7mv- ----------------------CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCC---C----------CCCCCC---CCEEEECCCCCCHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCC----------CCCHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHC---------CCCCCCC----C-EEEECC-----------HHHHHHH---HHHHHHCCCHHHCCC-------------CCCCCC >P1;d2d48a- ------------------CCCCCHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHCEEECHHHCC------------------------CCCC-----HHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCC---------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC----------------------------------CCCCCCC--CCCEEEHHHHHH-HHHHHHHHHHHHHC------------C >P1;d2l3oa- -----------------CCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHCCCC---------------------------------------CCCCCCCCCHHHCCCHHHHHHHHHHHHHCCCC--C-------------CHHHCHHHHHHHHHHHCCCCCC------------------CCC-------CCCCCCCC-HHHHHHHHH---HHHHHH-HHCC---------CCCCCCCCCCCCCC >P1;d2l3ya- CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCC-----C----CHHHHCCCCCCHHHCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCC-----------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCC---HHHHHHH-CCCCC-------CCCCHHHHHHHH---HHHHHH-HHHHHHHHHHCC--------------- >P1;d2z3qa1 --------------------------CHHHHHHHHHHHHHHHCC---------------------CCCCCCEEECC------------CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC--------------CHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCC---------------CCCCHHHCEEE------------CHHHHHHH---HHHHHH-HHCCCC--------------------- >P1;d3besl- -----------------------CCHHHHHHHHHHHHHCCCCC-----HHHHCC---------------------CCCCHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCC--C-------------CCHHHHHHHHHHHHHHCCCCCH-----------HHHHHHHHHHH------CCC---CCHHHHHHHHHH---HHHHHH-HHCCHHHCCCCCC-------------C >P1;d3n0pa- ---------------CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH---HCCC---CCHHHHHC-CCCCCCCCCCCCCHHHHH--HCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-----CCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCC-CHHHHHCC--C----HHHHHHHHHHHHHH---HHHHHH-HHHHHHHHHHHHHHH------CCCC-- >P1;d3q1si- ----------------------------CCCCCCCCCCCHHHH-----CCCCCC---------------------CCCCCHHHHCC--CCHHHHHHHHHHHHHHHHC---------------------------CCHHHHHHHHHCCCCCCC-------CCCHHHHHHHHHHH------HHHHHCC-HHHHHHHHHC---CCHHHH-HHHHHHC-------------------- >P1;d3s9da- ------------------------------CHHHHHHHHHHHC--CCCCHHHHHHCC---------------CCCCCHHHCC---------HHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHCC------------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC-----------------------------CHHHHHHHHHHHHHHHHHHC-CCHHHHH-HHHHHHHHHHHHHCC------------ >P1;d3tgxb- -------------------CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH---------------------C-CCCCEECCC------------CCCHHHHHHHHHHHHHC-CCCCC--C--CC--------CHHHHHHHHHHHHCCCCCCC--CCC---------------CCCCCCCCCEE------------CHHHHHHH---HHHHHH-HHHHCCC-------------------- >P1;d3uf2a- ------------------CCHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHCCC---------------------CCCCCEEEEEECCCCC-C-------CHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCC--------------CCHHHHHHHHHHHHHHHHCC-CCC----------------CCCCCEEEEEE----------CHHHHHHH---HHHHHH-HHHHHHHH--CCCHHHCCCHHHHHCCC >P1;d4i77z- -------------------------CHHHHHHHHHHHHCCCCCC--------------------------CCEEECCCCC--------CCCHHHHHHHHCCCC------C----------------------CHHHHHHHHHHHHHCC-----------CCCCCCCCCCCCCCC----------------------CEEEHHHHHH-HHHHHHHHHCC---------------- >P1;d4neja- -----------------CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCC---------HHHHHHHCC-----CCCCCCCCCCC--------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC----------------------CCHHHHHHHHHHHHHC----------CCCCCCC-------------------------------CCCCHHHHHH-HHHHHHHHHHCCCC------------- >P1;d5d22a- ------------------CCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHH---CCCCCHHHHC--------CEEE---EE------------CCCCC-CCCCCCHHHHHHHHHHHC--CH--------------------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCC---------------CCCEEEEE-----------HHHHHHH---HHHHHH-HCCCCCCCC------------------ >P1;d5uwci- -----------------------CCCCHHHHHHHHHHHHC---C------CCC--------CCCCHHHCC------------HHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHCCCC--------------------CCHHHHHHHCCCHHHCC--CCCCCCC---------------CCCCCCCCC---------CHHHHHHH---HHHHHH-HHHHHCC-------------------- >P1;d7nbia- ------------------CCCCC-CCCCCCHHHHHHHHHHHCC------------------------CCCCEEEEC--CCCC-------CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC--------------H-HHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCC----------------CCCCCCCEEEE----------CHHHHHHH---HHHHHH-HHCCCCCCCCCHHHCCCCCCC------ PSA >P1;d1alua- -----------------4866640461067018507404720187---19109-------------211----8068910047aa2756-004200200140201050025209-----9-------159505602510540061056105a----a1a62689836831870372--8----77503400040042---035005-302600620------------------ >P1;d1au1a- ------------------2309500730452085036007501---c7369046165---------------c08018202848a0a41200100100051034007470750b08------------57107601820670043046007722784b--------------9183070053406700840380086392541000-1006101400710320032088----- >P1;d1ax8a- --------------------568225703710540162078328------------------------a1701504-----------------630340030011013008515--------------78207502810650272045009439-2805b1973a63a816b-5064b--------c5635400011---014005-303610677191--------------- >P1;d1bgca- ------------05---8a10850371065027116404750373---07----12747148--5---b80804070810--57928454002301900420260083083018------------60461075028104600640562093a--------906a---------320-7----55633000000023---048005-4015005410----------------- >P1;d1cnt1- -----------882---6600750271054057408902740382---0a----1b----------------------4-----a3812500440021015034305501500374015----b39a017405501800250071035007309------39133---------918aa----77a32530260055---038203-3017005403750-7------48a--- >P1;d1eera- ----------------972970065740370162075036305b0---6----------a40508---37040021708785076386040003016206303700550451177----5b642a-30561054015007403710570703840752379b98797----5-723062-----------0330041---00400640033008421768-b------------ >P1;d1evsa- ----------9a2a093750065037203603-646300200040---09----0468a238------504267a30363a60393b43400730481025008517414740265750aa5a265500640560652047035207002520b5--b38--------------------------76343050011---040003-005000410371--------------- >P1;d1f45b- ------------------8---c22840560155077----408826250672012445486b------------93b33054ca9327504720351057227306504750583---------58---604800340150045009518----------------------------------a35340061045---028303-10280162164a--------------- >P1;d1hula- -------------------------774841574078257617-----941672---------------------9-------a282782b4827761246419227434750939-------------aa05600401751385238658-----------68-----------------9579589837578488---56754a------8835------------------ >P1;d1huwa- 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75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 2.3 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 27.0 75.0 75.0 4.0 1.7 75.0 75.0 75.0 200 205 H 4.9 H 2.2 1.7 1.7 2.8 2.7 1.7 1.2 2.7 6.2 1.7 2.5 1.8 2.0 3.2 1.2 2.5 2.5 0.8 2.2 7.0 2.8 2.8 2.2 2.0 2.2 2.2 2.5 2.8 1.2 2.5 207 211 H 4.5 M 2.2 1.6 2.6 2.0 2.2 1.2 1.0 2.2 75.0 1.0 3.0 3.0 2.4 4.0 2.4 2.8 21.2 1.0 4.2 7.1 1.6 3.2 1.2 4.2 2.8 2.6 2.2 3.6 3.8 3.4 212 221 * 2.9 P 45.8 1.8 25.6 38.5 10.6 12.2 24.1 25.6 47.4 2.1 39.4 46.4 25.9 61.3 53.6 11.3 60.7 26.6 68.0 21.8 1.5 60.2 2.2 60.9 17.7 32.7 10.9 47.1 61.5 3.5 222 233 - 4.5 M 75.0 33.0 75.0 75.0 58.1 75.0 75.0 75.0 75.0 46.3 75.0 75.0 75.0 29.2 40.3 70.6 8.7 75.0 75.0 69.6 52.5 75.0 75.0 75.0 4.8 75.0 75.0 75.0 75.0 39.9 >>>>>>