Reading input alignment file to find conserved blocks of secondary structure The input structure based alignment from Comparer _____________________________________________ >P1;d1dova- ------------------------------CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHH-------HHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC-----------CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCC-------- >P1;d1l7ca1 -------------------------CCCC----HHHHHCCHHHHHHHHHHH-C--CCHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHC-CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCC---C------HHHHHC-CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC--------------------------------------------------------------------------- >P1;d1l7ca2 ------------------------------CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHHC-CCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHCCC----------CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC------------------------------------------------------------------------------- >P1;d1qkra- CCCCCCCCCCHHHHCCCHHHHHHHHCCCCCCCCHHHHHHHCCCCCCCCHHH-CCHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCC------HHHHHH-HHCCHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHCCCCCCC--------------------------------------------------------- >P1;d1st6a3 ---------------------CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHCCCCCCCCCCHHHHH-HHHHHHHHHHHCCCC--------CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCC--------CCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCC-------------------------------------------------------------------------------- >P1;d1st6a4 -----------------------------CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCC--CCHHHHH-HHHHHHHHHHHHCCC-------CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH--------CCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCC-------------C------------------------------------------------C------------ >P1;d1st6a5 -------------------------------------CCCCHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCHHHHH-HHHHHHHHHHHCCC--------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCC--------CCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-------------HHCCCCCHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC------------ >P1;d1st6a6 ---------------------------------------------------------------------------------CCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCC---------CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCC--------------------------------------------------------------------------- >P1;d1st6a7 ------------------------------CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCHHHHHH-HHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCC---------CCCCCCCCHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHCCCCCC------------------------------------------------------------CCCCCCCCCCCCCC >P1;d3rf3b2 -----------------------------CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC---CHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC----CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCC--------------------------------------------------------------C-------- PSA >P1;d1dova- ------------------------------734607843780545266347-------7298248737954a2a936842462475388146527804552514502310750362056036085485046328703530550361046028709-----------888238504812850571034026103302565a49844771371276039007601800513-------- >P1;d1l7ca1 -------------------------6a37----583042271054037006-6--25682065306604-61066016106810761b778316605-00770681166007213610772a---3------880564-6632660381054005004803a--------------------------------------------------------------------------- >P1;d1l7ca2 ------------------------------24a103501850461076016115775484068106605-9117602830553-985a78a52770371066037405602720772288276c----------659603610550132046027215------------------------------------------------------------------------------- >P1;d1qkra- 47a05957b829972314271260054123990600300140321556034-567c2475035106321-7106300710450073034782374037004503810670474056106067ab45------a97467-35612705451710240052025008408589a61140554--------------------------------------------------------- >P1;d1st6a3 ---------------------a699375884553067017406731a5047007822463587017005-40081037005603a--------85495036207702730550186029--------648369815810760263058035406901-------------------------------------------------------------------------------- >P1;d1st6a4 -----------------------------a598316704740884295048008444929--8138206-501210550083046-------581385057017504710760372197--------97164990372196038216613730350276065-------------a------------------------------------------------a------------ >P1;d1st6a5 -------------------------------------a3872721155026114637599ac4070018-40272053108619--------973496036207604801641891066--------84095651770383056207501630580486147-------------71366674057236827855a59674876477425637934861a605a3------------ >P1;d1st6a6 ---------------------------------------------------------------------------------4299090baa137605715641672655275037815877---------b6a6088514735663452377379247606c--------------------------------------------------------------------------- >P1;d1st6a7 ------------------------------25a504921550364077119207891875065135004-62066017106830884a688248305601740660183068318807---------d38766803740381085027015602800665899------------------------------------------------------------a66766a89899a9 >P1;d3rf3b2 -----------------------------762750162058018207406805---6395067047704-65096017106522761a287135204800640581267026006600603a496----c6376036506702840272074015007472a547a--------------------------------------------------------------a-------- Translating the sequences ------------------------------***HHHHHHHHHHHHHHHHHH-------******HHHHH****HHHHHHHHH********HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH****************HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH**-----------***************************************************************-------- -------------------------****----HHHHH**HHHHHHHHHHH-*--*C*******HHHHH-HHHHHHHHHHHH********HHHHHH*-*HHHHHHHHHHHHHHHHH******---*------HHHHH*-*HHHHHHHHHHHHHHHHH*****--------------------------------------------------------------------------- ------------------------------***HHHHHHHHHHHHHHHHHH*****C*******HHHHH-HHHHHHHHHHHH*-******HHHHHHHHHHHHHHH***HHHHHHHH********----------*HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*------------------------------------------------------------------------------- *********************************HHHHHHH********HHH-************HHHHH-HHHHHHHHHHHH********HHHHHHHHHH**HHHHHHHHHHHHHH**********------HHHHHH-HH**HHHHHH**HHHHHH***********************--------------------------------------------------------- ---------------------************HHHHHHHHHHH*HHHHHH*****C*******HHHHH-HHHHHHHHHHH****--------**HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH***--------*****HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH***-------------------------------------------------------------------------------- -----------------------------****HHHHHHHHHHHHHHHHHH*****C***--**HHHHH-HHHHHHHHHHHH***-------***HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH***--------*****HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*****-------------*------------------------------------------------*------------ -------------------------------------****HHHHHHHHHH*****C*******HHHHH-HHHHHHHHHHH***--------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*****--------*****HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*****-------------**************************************************------------ ---------------------------------------------------------------------------------*********HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*****---------**HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*****--------------------------------------------------------------------------- ------------------------------***HHHHHHHHHHHHHHHHHH*****C*******HHHHH-HHHHHHHHHHHH********HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH***---------********HHHH******HHHHHHHHHHHH******------------------------------------------------------------************** -----------------------------****HHHHHHHHHHHHHHHHHH**---C*******HHHHH-HHHHHHHHHHHH********HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*********----***HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*********--------------------------------------------------------------*-------- 47220.tem _________________________________ -----------------------------****HHHHHHHHHHHHHHHHHH*****C*******HHHHH-HHHHHHHHHHHH********HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH********---*****HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*****-------------*------------------------------------------------*------------ Structural block scores 0 28 - 4.6 H 75.0 65.6 75.0 4.6 56.3 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 29 32 * 2.8 P 22.2 75.0 22.9 5.2 5.5 8.1 75.0 75.0 23.1 5.5 33 50 H 4.5 M 4.7 3.2 3.0 2.4 4.0 4.4 20.0 75.0 3.8 3.5 51 55 * 2.7 P 75.0 46.6 4.2 21.1 3.4 3.2 3.0 75.0 5.2 46.0 57 63 * 1.8 P 15.3 4.3 4.4 3.6 4.7 25.6 7.1 75.0 4.6 4.3 64 68 H 4.7 H 6.8 3.2 3.4 2.4 2.6 3.8 3.2 75.0 2.4 4.4 70 81 H 4.6 H 5.8 3.4 3.9 2.8 2.8 2.5 3.2 69.1 3.6 3.8 82 89 * 2.1 P 4.8 5.1 15.7 3.0 48.6 48.1 57.5 6.4 5.9 4.8 90 115 H 4.8 H 3.5 6.3 4.0 3.6 12.2 9.3 9.8 4.6 4.1 3.4 116 123 * 2.6 P 3.5 22.2 5.9 5.2 48.2 49.0 48.4 31.6 57.1 4.1 124 126 - 4.3 M 5.7 51.0 75.0 28.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 52.0 127 131 * 3.0 P 3.6 75.0 75.0 75.0 5.4 5.4 5.2 48.5 7.5 34.3 132 156 H 4.7 H 9.4 6.4 9.0 6.9 3.9 3.8 3.7 5.0 3.4 3.3 157 161 * 2.4 P 75.0 5.1 61.0 2.8 75.0 4.8 5.2 6.3 6.8 6.1 162 174 - 4.5 M 26.6 75.0 75.0 4.7 75.0 75.0 75.0 75.0 69.9 54.0 176 223 - 4.5 M 3.8 75.0 75.0 69.0 75.0 75.0 5.4 75.0 73.7 75.0 225 236 - 4.6 H 50.8 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 8.2 69.6 >>>>>>