Reading input alignment file to find conserved blocks of secondary structure The input structure based alignment from Comparer _____________________________________________ >P1;d1ckta- -----------------CCCC-----CHHHHHHHHHHHHHCCCCC----HHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHCC-HHHHHHHHHCCC--------------------- >P1;d1k99a1 -------CCCCCCCCCCCCCC-----CHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCC-CHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHCC---CCCCC-----CCCCCCCCCCCCC >P1;d1lefa- --------------CCCCCCC-----CHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCC-HHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCC-----CCCCCCCCCCCCC >P1;d1v63a1 ----------------CCCCCC----CCHHHHHHHHHHHCC--CCCCC-HHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHCCCC >P1;d1v64a1 -------CCCCCCCCCCCCCCC----CHHHHHHHHHHHH----CCCCC-HHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHCCCCCCCC >P1;d1wgfa1 ---CCCCCCCCCCCCCCCCCC-----CHHHHHHHHCHHHHHHHCCCCC-HHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC------C------------------- >P1;d1wz6a1 ----------------CCCCC-----CHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCC-CHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCC-C------------------- >P1;d2crja1 ----------------CCCCC-----CHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCC-HHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH---CCHHHHCCCC------- >P1;d2ctoa1 -------------CCCCCCCC-----CHHHHHHHCCHHHHHHHCCCCCCHHHHCHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHH--------HC-----CCCCCCCCCCCCC >P1;d2e6oa1 ------CCCCCCCCCCCCCCC-----CHHHHHHHHCHHHHHHHCCCCC-HHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCC------------------- >P1;d2gzka1 --------------CCCCCCC-----CHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCC-HHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC------------------C >P1;d2hdza- ---------------CCCCCC-----CHHHHHHHHHHHHHHHHCCC-C-HHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH--C--------------------- >P1;d2mrca- CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCHH---HHHC-HHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCC--------C------- PSA >P1;d1ckta- -----------------2843-----7244103520376569237----a761766056518817896236059317-167335732897--------------------- >P1;d1k99a1 -------98495518243216-----7035201673186048707a37-586046405842881687417624630465299525---b4147-----445678785145a >P1;d1lefa- --------------9517322-----704410265336503863a378-7a4048306720871699536406542563664078647b1795-----42956876994a8 >P1;d1v63a1 ----------------278005----903520064028525--05617-69424830454196297842550552075557516534764177257a6477267637a68b >P1;d1v64a1 -------6b7657733075024----6064002731378----29b15-7a627730363176179942562584086446506640573076269942680257246876 >P1;d1wgfa1 ---a88b9cb9aa93778771-----5054002452288148757837-6860675047219817a9716715853972664185------a------------------- >P1;d1wz6a1 ----------------b8623-----a13300045347605853693a-5a4069205722681879439507621785497228a39a5-9------------------- >P1;d2crja1 ----------------29725-----704330066455614a745a25-864056303751771878538714630566588244656466---85a75698c7------- >P1;d2ctoa1 -------------89ba95a4-----90321005731550697847077154054406a316928994485238406243026--------93-----84b5178756b8b >P1;d2e6oa1 ------dcaa5b77ba4a652-----6145102563674078636d49-b930593055527717b8525507550674273677786a5ba------------------- >P1;d2gzka1 --------------d819715-----6137202663446059568a29-8b3057205622b9188a6255236525735762576465579------------------a >P1;d2hdza- ---------------b19823-----71141035423b80286398-5-8960662057417a079851651574266156626655--9--------------------- >P1;d2mrca- aa96999a89a998722a38423256333424761376659---5153-994077317814791689626435761582677356624757772b--------9------- Translating the sequences -----------------CCCC-----CHHHHHHHHHHHHH***CC----HHHHHHHHHHHHH*CC****HHHHHH**-HHHHHHHH****--------------------- -------********CCCCCC-----CHHHHHHHHHHHHHH**CCCCC-*HHHHHHHHHHHH*CC***HHHHHHHHHHHHHHH**---*****-----************* --------------*CCCCCC-----CHHHHHHHHHHHHHH**CCCCC-HHHHHHHHHHHH**CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*******-----************* ----------------CCCCC*----C*HHHHHHHHHHH**--CCCCC-HHHHHHHHHHHH**CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH************************* -------********CCCCCC*----CHHHHHHHHHHHH----CCCCC-HHHHHHHHHHHHH*CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH************************* ---************CCCCCC-----CHHHHHHHH*HHHHH**CCCCC-HHHHHHHHHHHHH*CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*------*------------------- ----------------CCCCC-----CHHHHHHHHHHHHHH**CCCCC-*HHHHHHHHHHHH*CCHHHHHHHHHHHHHHHHHH*******-*------------------- ----------------CCCCC-----CHHHHHHHHHHHHHH**CCCCC-HHHHHHHHHHHHH*CC**HHHHHHHHHHHHHHHHHHH*****---**********------- -------------**CCCCCC-----CHHHHHHH**HHHHH**CCCCC*HHHH*HHHHHHHH*CCHHHHHHHHHHHHHHHHHH--------**-----************* ------*********CCCCCC-----CHHHHHHHH*HHHHH**CCCCC-HHHHHHHHHHHHH*CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH******------------------- --------------*CCCCCC-----CHHHHHHHHHHHHHH**CCCCC-HHHHHHHHHHHHH*CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH******------------------* ---------------CCCCCC-----CHHHHHHHHHHHHHH**CCC-C-HHHHHHHHHHHHH*CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*--*--------------------- ***************CCCCCC******HHHHHHHHHHH*HH---***C-HHHHHHHHHHHHH*CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*********--------*------- 47095.tem _________________________________ -------********CCCCCC-----CHHHHHHHHHHHHHH**CCCCC-HHHHHHHHHHHHH*CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*******-----************* Structural block scores 0 6 - 4.7 H 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 37.6 75.0 75.0 75.0 66.2 75.0 75.0 9.0 7 14 * 3.7 M 75.0 6.1 66.8 75.0 6.6 9.4 75.0 75.0 58.4 9.4 67.3 75.0 8.9 15 20 C 4.9 H 27.8 3.0 3.3 15.3 2.8 6.2 17.6 16.7 8.4 6.3 5.2 5.8 4.9 21 25 - 4.7 H 75.0 75.0 75.0 61.0 60.8 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 3.6 27 40 H 4.8 H 3.4 3.3 3.0 3.0 13.6 3.2 2.9 3.4 2.7 3.6 3.5 3.2 4.7 41 42 * 2.2 P 5.5 7.5 7.0 75.0 75.0 7.5 6.5 8.8 8.0 7.0 7.0 7.0 75.0 43 47 C 4.7 H 47.0 5.5 6.3 3.8 5.7 6.0 6.3 5.3 5.2 7.1 7.1 20.0 17.8 49 61 H 4.9 H 5.3 4.6 4.6 4.5 4.8 4.7 4.5 4.2 3.8 5.0 4.8 4.7 5.2 63 64 C 5.0 H 4.0 3.5 3.5 5.5 4.0 4.0 4.5 4.5 5.0 4.0 4.5 3.5 3.5 65 85 H 4.8 H 8.0 8.1 5.0 4.4 4.9 8.8 5.5 5.0 14.5 5.2 5.1 4.9 5.3 86 92 * 2.5 P 35.9 25.4 6.4 5.1 4.0 65.8 26.6 25.3 55.3 18.1 15.9 55.6 5.6 93 97 - 4.3 M 75.0 75.0 75.0 6.1 6.0 75.0 75.0 21.1 75.0 75.0 75.0 75.0 47.7 98 110 * 3.7 M 75.0 5.7 6.7 6.5 4.8 75.0 75.0 44.0 7.2 75.0 70.0 75.0 69.9 >>>>>>