Reading input alignment file to find conserved blocks of secondary structure

The input structure based alignment from Comparer
_____________________________________________

>P1;d1nrea-
CCCCCCHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCC-----------------------------CCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCC

>P1;d2fcwa1
-CCCCCHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC----
PSA

>P1;d1nrea-
d6506174017104304949038842750362035007203603725864508-----------------------------958534707831770174040587999a

>P1;d2fcwa1
-b61726504500750470b18ba63680344048017315525625842772457157047592a7619605661672497078125316543650554057427----


Translating the sequences
*CCCCCHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH****-----------------------------***HHHHHHHHHHHHHHHH****C****
-CCCCCHHHHHHHHHHH*CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*****************************HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC----

47045.tem
_________________________________
-CCCCCHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-----------------------------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC----




Structural block scores
1	5	C	5.0	H	  3.6  5.5

6	17	H	4.8	H	  3.3  3.6

18	21	C	5.0	H	  4.0  5.1

22	52	H	4.7	H	  3.8  4.5

53	81	-	3.0	P	  75.0  5.1

82	104	H	4.4	M	  4.5  3.8

106	109	-	3.0	P	  9.4  75.0

>>>>>>