Reading input alignment file to find conserved blocks of secondary structure

The input structure based alignment from Comparer
_____________________________________________

>P1;d1hbka-
CHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHCC---CCCC

>P1;d2cb8a-
-CHHHHHHHHHHHHHCC--CCCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC---

>P1;d5ijma1
CCHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHCCCCCC-HHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCC
PSA

>P1;d1hbka-
b2593076017218916874817892414031041004455075a5277a68662340510471391855500650152048316---704b

>P1;d2cb8a-
-7996196036218607--6716991543130142003415086a42b87679335424104825936576016402810460285164---

>P1;d5ijma1
371820a5027319806b2701899053503004100357409ba42879698534324205716936-7802400072037009749412b


Translating the sequences
C*HHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHH*CCCCCHHHHHHHHHHHHHHH**---CCCC
-CHHHHHHHHHHHHHCC--CCCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHH*CC---
CCHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHH*CCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHCCCCCC-HHHHHHHHHHHHHHHHH*CCCCC

47027.tem
_________________________________
CCHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHH*CCCCC




Structural block scores
0	1	C	4.0	M	  6.8  41.0  5.0

2	14	H	5.0	H	  4.5  5.1  4.3

15	22	C	4.8	H	  5.2  22.1  4.4

23	37	H	5.0	H	  2.7  3.0  2.8

38	50	C	4.9	H	  5.7  5.6  6.4

51	61	H	5.0	H	  3.5  3.8  4.1

62	67	C	4.8	H	  4.8  5.5  5.3

68	85	H	4.8	H	  7.3  3.6  7.3

87	91	C	4.2	M	  19.5  47.0  5.5

>>>>>>