Reading input alignment file to find conserved blocks of secondary structure

The input structure based alignment from Comparer
_____________________________________________

>P1;d1fjgt-
CCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCC

>P1;d2qalt1
CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHCCCC--------------
PSA

>P1;d1fjgt-
a98a666876466767773675365067227503710641505500510470354057019a6004792075327703750373068391815c340b6

>P1;d2qalt1
aa7a778787684667474584373056316607521778458506801630451047006980067830562286037606917--------------


Translating the sequences
CCC***HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHH**CCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHH**************
CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCC**HHHHHHHHHHHHH****--------------

46992.tem
_________________________________
CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHH--------------




Structural block scores
0	2	C	5.0	H	  9.2  9.3

3	38	H	4.8	H	  5.1  5.3

39	40	C	5.0	H	  3.0  6.0

41	60	H	4.8	H	  3.0  3.5

61	65	C	5.0	H	  4.1  4.6

66	84	H	4.4	M	  4.1  4.5

85	98	-	3.0	P	  5.6  75.0

>>>>>>