Reading input alignment file to find conserved blocks of secondary structure

The input structure based alignment from Comparer
_____________________________________________

>P1;d1e2aa-
CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC-----

>P1;d3k1sa1
---CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHC-CHHHHHHCCC-CHHHHC-CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCHHHHHHHHHC-CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC
PSA

>P1;d1e2aa-
276750162066038405603720660271048663a406502950472075057417a1774788a3a027082065027306602822650774037437-----

>P1;d3k1sa1
---898672074037206605530-5036304534-950771-75056105606732761662564a682956a406503730-5066328606751763575778b


Translating the sequences
***HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*HHHHHHHCCC*HHHHHH*HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCHHHHHHHHHH*HHHHHHHHHHHHHHHH**-----
---****HHHHHHHHHHHHHHHH*-*HHHHHHCCC-*HHHH*-*HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCHHHHHHHHH*-*HHHHHHHHHHHHHHHHH*****

46973.tem
_________________________________
---HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHCCC-HHHHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHH-----




Structural block scores
0	2	-	3.0	P	  5.0  75.0

3	23	H	4.5	M	  3.4  4.2

25	31	H	4.7	H	  2.9  3.0

32	34	C	5.0	H	  6.7  4.0

36	41	H	4.3	M	  4.2  4.8

43	64	H	4.9	H	  4.9  4.2

65	72	C	5.0	H	  5.1  6.3

73	82	H	4.8	H	  3.3  3.9

84	101	H	4.7	H	  4.1  4.6

102	106	-	3.0	P	  75.0  7.7

>>>>>>