Reading input alignment file to find conserved blocks of secondary structure The input structure based alignment from Comparer _____________________________________________ >P1;d1a04a1 ------CCCHH----------HCC--------------------------HHHHHHHHHHHCCCC-------------HHHHHHHHC---------CCHHHHHHHHHHHHHHHCCC-------------------------------CHHHHHHHHHHHCCC---- >P1;d1fc3a- ----CHHHHHHHHHHHHHHHHCCCC------------------------CCHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHCCCCHHHHHHHHHC---------CCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHC----HHH------HCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHCCCC >P1;d1fsea- --------CCC----------CCC--------------------------HHHHHHHHHHCCCCC-------------HHHHHHHHC---------CCHHHHHHHHHHHHHHHCCC--------------------------------HHHHHHHHHHCCCCC--C >P1;d1gxqa- ----------------CCCCCCCEEECCEEEECC-CCEEEECCEECC-CCHHHHHHHHHHHHCCC--------CEEC-HHHHHHHHCCC-CC---CCCCHHHHHHHHHHHHHHH--HH--CHHHH--EEEECCCEEEECCCC------------------------ >P1;d1kgsa1 ------------------CCCCEEEECCEEEECC-CCEEEECCEEEC-CCHHHHHHHHHHC-CCC--------CCEE-HHHHHHHCC---------CHHHHHHHHHHHHHHHHH--CCCCCC--C--EEEECCCEEEECCC------------------------- >P1;d1l3la1 --------CCC----------CCC--------------------------HHHHHHHHHHCCCCC--------------CHHHHHHC---------CCHHHHHHHHHHC-CCCCCC-------------------------------CHHHHHHHHHHCCCC---- >P1;d1opca- ----------------------CEEECCEEEECC-CCEEEECCEEEC-CCHHHHHHHHHHHHCCC--------CCCC-HHHHHHHHCCCCCC---C-CCCCHHHHHHHHHHHHC--C---CCCCCCCEEEECCCEEEECCC------------------------- >P1;d1p2fa1 ---------------------CEEEECCEEEECC-CCEEEECCEECC-CCHHHHHHHHHHHHCCC--------CCEE-HHHHHHHHC-CCCC---C--CHHHHHHHHHHHHHHC--C---CCCCCCCCCCCCCCEE-CCC-------------------------- >P1;d1p4wa- CCCCHHHHHHHHHHCCCCCCCCCC--------------------------HHHHHHHHHHHHCCC-------------HHHHHHHHC---------CCCHHHHHHHHHHHHHHCCC-------------------------------CHHHHHHHHHHHCCCCCCC >P1;d1yioa1 CHHHHHHHHHH----------CCC--------------------------HHHHHHHHHHCCCCC-------------HHHHHHHHC---------CCHHHHHHHHHHHHHHCCCC-------------------------------CHHHHHHHHHHC------- >P1;d1ys6a1 --------------CCCCCCCCEEEECCEEEECC-CCEEEECCEEEC-CCHHHHHHHHHHHHCCC--------CEEC-HHHHHHHCCC-CCC---CCCCCHHHHHHHHHHHHHC--CC--CC--CCCEEEECCCEEEECCC------------------------- >P1;d2ff4a1 ---------------------------CEEEECCCCCEEEECCEECCCCCHHHHHHHHHHHHCCC--------CEEE-HHHHHHHHHCCCCC---CCHHHHHHHHHHHHHHHHH--HHCCCHHHH--EEECC-CEEEEC--------------------------- >P1;d2hqra2 --------------------CCCEEECCEEEECC-CCEEEECCEEEE-CCCHHHHHHHHHHHCCC--------EEEE-HHHHHHHHCCCCCCCCC----CCHHHHHHHHHHHHH--C-CCC---CCCEEEECCCEEEECCCCCCCCC------------------- >P1;d2hwva1 -----------------------CEECCEECCCC-CCEEEECCEEEE-CCHHHHHHHHHHHHCCC--------CCCC-HHHHHHHHCCHHHC---C-CHHHHHHHHHHHHHHHC--C---CCCCCCCEEEECCCEEEECCCC------------------------ >P1;d2jpca- --------------------------------------------------CHHHHHHHHHHHCCC-------------CHHHHHHHC---------CCHHHHHHHHHHHHHHCCCC-------------------------------CHHHHHHHHHCCCCC--CC >P1;d2jzya- ------------------CCCCCEEECCEEECCC-CCCEEECCEECC-CCHHHHHHHHHHHHCCC--------CCCC-HHHHHHHHCC-CCC---CCCCCHHHHHHHHHHCCCH--HH----CCCCCEECCCCCCCEECCCCC----------------------- >P1;d2k4ja1 -----------------CCCCCCEEECCEEEECC-CCEEEECCEEEC-CCHHHHHHHHHHHHHCC--------CEEE-HHHHHHHCC----CCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHH--HCCCC---CCCEEEECCCEEEECC-------------------------- >P1;d2m87a- -----------------CCCCCEEEECCEEEECC-CCEEEECCEECC-CCHHHHHHHHHHHHCCC--------CCEE-HHHHHHHHHCC-CC---CCCCCCHHHHHHHHHHHHC--------HHH--CEEECCCEEECCCCCCCC--------------------- >P1;d2pmub- --------------CCCCC--CEEEECCEEEECC-CCCEEECCEEEC-CCHHHHHHHHHHHHCCC--------CCCC-HHHHHHHHCCC-CC---CCCHHHHHHHHHHHHHHHC--CC--CC-CC--EEEECCCEEEEC-CC------------------------ >P1;d2rnja- -----------------CCHHHCC--------------------------CCHHHHHHHHHHCCC-------------HHHHHHHHC---------CCHHHHHHHHHHHHHHHCCC-------------------------------HHHHHHHHHHHHCCCC--- >P1;d3q9va- ---------------------CCEEECCEEEECC-CCEEEECCEECC-CCHHHHHHHHHHCCCCC--------CEEE-HHHHHHHHHCC-CC---CCCCCHHHHHHHHHHHHHH--HC--CCCCC--EEEECCCEEEECC-------------------------- >P1;d3ulqb- ---------------------CCC--------------------------HHHHHHHHHHHCCCC-------------HHHHHHHHC---------CCHHHHHHHHHHHHHHCCCC-------------------------------CHHHHHHHHCC-------- >P1;d3zq7a- -------------------CCCEEECCCCEEECC-CCEEEECCEEEC-CCHHHHHHHHHHHHCCC--------CEEE-HHHHHHHHCCCCCC---C-CHHHHHHHHHHHHHHHC--C---CCCCCCCCEEECCCEEECC--------------------------- >P1;d4ixaa- --------------------CCEEEECCEEEECC-CCEEEECCEEEC-CCHHHHHHHHHHHCCCC--------CCCC-HHHHHHHHCCCCCC---C-CCCHHHHHHHHHHHHHH--HC--CCC-CEEEEEECCCEEEEEECC------------------------ >P1;d4nhja- -------------------CCCCEEECCEEEECC-CCEEEECCEEEC-CCHHHHHHHHHHHCCCC--------CCEE-HHHHHHHHCC-CCC---CCCCCHHHHHHHHHHHHCC--CC--C-CCCCCEEEECCCEEEECCC------------------------- >P1;d4uhta- --------------------CCCEEECCEEEECC-CCEEEECCEECC-CCHHHHHHHHHHHHCCC--------CCCC-HHHHHHHHHC-CCC---CCCCCHHHHHHHHHHHHCC--CC--C-CCCCCEEEECCCEEEECCCC------------------------ >P1;d5dcma1 ----------------------CEEECCEEECC--CCEEECC-CEEE-CCHHHHHHHHHHHHCCC--------CEEE-C-CHHHHHHHC-CC---CCCHHHHHHHHHHHHHHHH--HH-----CCCCEEEECCCEEEEC--------------------------- >P1;d5ju7a1 -------------------CCCCEEECCEEEEHH-HCEEECCCCEEE-CCHHHHHHHHHHHHCCC--------CEEC-HHHHHHHHCC--CC---CCCHHHHHHHHHHHHHHHH--CCCC--CCCCCEEEECCCEEEECCCEEEC--------------------- >P1;d5vfaa2 ----------------------CCEECCEEEECC-CCEEEECCEEEC-CCHHHHHHHHHHHHC-C--------CCCC-HHHHHHHHCC--CC---CCCCHHHHHHHHHHHHHHC--C--C--CCCCCEEEECCCEEEECC-------------------------- PSA >P1;d1a04a1 ------7262a----------406--------------------------830340050004915-------------28501841a---------28384066207502830408-------------------------------549303611865812---- >P1;d1fc3a- ----b87871375038107503035------------------------8170140032003302666922a50685003600962a---------07375036205600520166a4682038118----8a4------064a7308046004200530276a56 >P1;d1fsea- --------b62----------707--------------------------930320051126b39-------------17500751a---------27374057205702940a19--------------------------------49602530372810a--6 >P1;d1gxqa- ----------------8a5974516157020218-466020aa850a-06820050040004435--------7314-18501750179-a5---a186720231065037105--54--41260--0242ab500400393------------------------ >P1;d1kgsa1 ------------------f8a5444075040325-5550308a950a-0793004003200-432--------5304-38206740b---------a17850762074066300--7b2684--0--04549b6000032b------------------------- >P1;d1l3la1 --------991----------604--------------------------960130053126a38--------------85009439---------3856414430650-830809-------------------------------749501630684922---- >P1;d1opca- ----------------------51705405042b-636034678719-05100000040004246--------6305-5a50362068a570---0-90370450064017200--9---527814103239b61110138------------------------- >P1;d1p2fa1 ---------------------3836294050218-770032798629-05830140012004339--------7305-275017311-a892---5--6830540066015200--a---5399250044388600-053-------------------------- >P1;d1p4wa- 292995376067727578c8a905--------------------------840150030103537-------------25500651c---------3959502821750296081b-------------------------------4440000004205418866 >P1;d1yioa1 a8978058318----------607--------------------------980660062027939-------------27601a61a---------38584066126402730a0a-------------------------------558704712864------- >P1;d1ys6a1 --------------9b994b39315041040215-74204188861a-07730020012002544--------5304-4960074009-2a6---b1c3920342075027202--7b--a5--45003257b61010538------------------------- >P1;d2ff4a1 ---------------------------615163a7915011848529068740440032005467--------8305-28501730188935---b906830661065018303--90a462781--02419-601304--------------------------- >P1;d2hqra2 --------------------3480616a020009-532022795655-36975140103005436--------7502-3960371137894a188----a20662077038505--8-30b---5700467594212036095387c------------------- >P1;d2hwva1 -----------------------47013030587-5420115b7719-07630140042005355--------5216-44400540019a46---6-53730321066016300--6---6398250014597601104515------------------------ >P1;d2jpca- --------------------------------------------------94173018001624b-------------264005417---------83593057027601882a19-------------------------------716401342388809--a5 >P1;d2jzya- ------------------a685457146030145-742032877419-15a60510110004439--------6305-2650213198-789---7598750260055035631--5a----303501556aa2300042798----------------------- >P1;d2k4ja1 -----------------a6a492673a5052252-661030931301-06720250016003450--------7403-374006306----64c55923800550176063218--72919---2841765866013059-------------------------- >P1;d2m87a- -----------------ecb57555154050254-644013799709-05660050033007412--------6504-27303610469-93---9288c71674059025407--------481--0624886002027a6a9a--------------------- >P1;d2pmub- --------------a8757--4636236040135-44603268861a-06820030041005316--------5203-3640176007a-84---a664720552045027400--89--a7-40--02449c610004-63------------------------ >P1;d2rnja- -----------------8326908--------------------------941350021002918-------------78400740a---------27584048417701840909-------------------------------778402510583a06c--- >P1;d3q9va- ---------------------a36518503015a-744020697408-05830030010006637--------4406-4a301741177-81---7bb2830353075037305--82--80560--0545921000071-------------------------- >P1;d3ulqb- ---------------------b07--------------------------992540071026937-------------266007419---------57564047309501a42b0a-------------------------------53950264069-------- >P1;d3zq7a- -------------------c85426034010217-674032049318-03840050010006148--------7302-46400640248416---9-34650762053016400--7---54972610442ac600507--------------------------- >P1;d4ixaa- --------------------76416165020337-6330109a8608-05610030011003345--------6305-3940175004a594---a-75620351054017306--84--908-40304239a71020264a------------------------ >P1;d4nhja- -------------------a592351b7030125-655032579418-08760040041003316--------6305-1430055056-582---7092730260075018508--08--6-a916104439a60020139------------------------- >P1;d4uhta- --------------------5743701204040b-66303069961a-07930040011004432--------8305-2750055018-591---4982730572063046304--a0--5-493600633a9800101577------------------------ >P1;d5dcma1 ----------------------63628b02029--9030219-5628-05820130020005236--------6405-4-402720576-71---5284940461086029305--51-----706305549b500205--------------------------- >P1;d5ju7a1 -------------------5a2503016030026-531022cc4726-06740060021005325--------6104-4850275008--a4---a185750261055038205--1a49--9047002527a621304080646--------------------- >P1;d5vfaa2 ----------------------766227040378-6430225a7517-076300300420051-a--------6204-3750183005--95---ba61940442064028302--4--a--b57200552ac5002028-------------------------- Translating the sequences ------*****----------***--------------------------HHHHHHHHHHH*CCC-------------HHHHHHHHC---------CC**HHHHHHHHHHHHH***-------------------------------***************---- ----*****************C***------------------------C*HHHHHHHHHH*****************HHHHHHHHC---------CC**HHHHHHHHHHHHH**************----***------************************** --------***----------C**--------------------------HHHHHHHHHH**CCC-------------HHHHHHHHC---------CC**HHHHHHHHHHHHH***--------------------------------***************--* ----------------*****C************-************-*CHHHHHHHHHHH*CCC--------****-HHHHHHHHC**-**---*CC**HHHHHHHHHHHHH*--**--*****--***************------------------------ ------------------***C************-************-*CHHHHHHHHHH*-CCC--------****-HHHHHHH*C---------C***HHHHHHHHHHHHH*--******--*--**************------------------------- --------***----------C**--------------------------HHHHHHHHHH**CCC--------------*HHHHHHC---------CC**HHHHHHHH*-******-------------------------------***************---- ----------------------************-************-*CHHHHHHHHHHH*CCC--------****-HHHHHHHHC*****---*-C***HHHHHHHHHHHH*--*---*********************------------------------- ---------------------C************-************-*CHHHHHHHHHHH*CCC--------****-HHHHHHHHC-****---*--**HHHHHHHHHHHHH*--*---****************-***-------------------------- *********************C**--------------------------HHHHHHHHHHH*CCC-------------HHHHHHHHC---------CC**HHHHHHHHHHHHH***-------------------------------******************* ***********----------C**--------------------------HHHHHHHHHH**CCC-------------HHHHHHHHC---------CC**HHHHHHHHHHHH****-------------------------------************------- --------------*******C************-************-*CHHHHHHHHHHH*CCC--------****-HHHHHHH*C*-***---*CC**HHHHHHHHHHHHH*--**--**--*****************------------------------- ---------------------------**********************CHHHHHHHHHHH*CCC--------****-HHHHHHHH******---*C***HHHHHHHHHHHHH*--*********--*****-******--------------------------- --------------------*C************-************-*C*HHHHHHHHHH*CCC--------****-HHHHHHHHC********----**HHHHHHHHHHHH*--*-***---***********************------------------- -----------------------***********-************-*CHHHHHHHHHHH*CCC--------****-HHHHHHHHC*****---*-C**HHHHHHHHHHHHH*--*---**********************------------------------ --------------------------------------------------*HHHHHHHHHH*CCC-------------*HHHHHHHC---------CC**HHHHHHHHHHHH****-------------------------------***************--** ------------------***C************-************-*CHHHHHHHHHHH*CCC--------****-HHHHHHHHC*-***---*CC**HHHHHHHHHH****--**----*********************----------------------- -----------------****C************-************-*CHHHHHHHHHHH**CC--------****-HHHHHHH*C----*****CC**HHHHHHHHHHHHH*--*****---****************-------------------------- -----------------****C************-************-*CHHHHHHHHHHH*CCC--------****-HHHHHHHH***-**---*CC***HHHHHHHHHHHH*--------***--******************--------------------- --------------*****--C************-************-*CHHHHHHHHHHH*CCC--------****-HHHHHHHHC**-**---*CC**HHHHHHHHHHHHH*--**--**-**--************-**------------------------ -----------------*******--------------------------**HHHHHHHHH*CCC-------------HHHHHHHHC---------CC**HHHHHHHHHHHHH***-------------------------------****************--- ---------------------C************-************-*CHHHHHHHHHH**CCC--------****-HHHHHHHH***-**---*CC**HHHHHHHHHHHHH*--**--*****--*************-------------------------- ---------------------C**--------------------------HHHHHHHHHHH*CCC-------------HHHHHHHHC---------CC**HHHHHHHHHHHH****-------------------------------***********-------- -------------------**C************-************-*CHHHHHHHHHHH*CCC--------****-HHHHHHHHC*****---*-C**HHHHHHHHHHHHH*--*---*******************--------------------------- --------------------*C************-************-*CHHHHHHHHHHH*CCC--------****-HHHHHHHHC*****---*-C**HHHHHHHHHHHHH*--**--***-******************------------------------ -------------------**C************-************-*CHHHHHHHHHHH*CCC--------****-HHHHHHHHC*-***---*CC**HHHHHHHHHHHH**--**--*-*******************------------------------- --------------------*C************-************-*CHHHHHHHHHHH*CCC--------****-HHHHHHHH**-***---*CC**HHHHHHHHHHHH**--**--*-********************------------------------ ----------------------***********--*******-****-*CHHHHHHHHHHH*CCC--------****-*-*HHHHH***-**---*CC**HHHHHHHHHHHHH*--**-----****************--------------------------- -------------------**C************-************-*CHHHHHHHHHHH*CCC--------****-HHHHHHHHC*--**---*CC**HHHHHHHHHHHHH*--****--***********************--------------------- ----------------------************-************-*CHHHHHHHHHHH*C-C--------****-HHHHHHHHC*--**---*CC**HHHHHHHHHHHHH*--*--*--******************-------------------------- 46894.tem _________________________________ ------------------***C************-************-*CHHHHHHHHHHH*CCC--------****-HHHHHHHHC*****---*CC**HHHHHHHHHHHHH*****--**********************------**********-------- Structural block scores 0 17 - 4.6 H 55.7 20.5 63.6 67.7 75.0 63.6 75.0 75.0 5.6 32.9 60.5 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 71.4 71.6 60.0 71.3 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 18 20 * 3.7 M 75.0 4.0 75.0 7.0 13.7 75.0 75.0 75.0 10.3 75.0 6.2 75.0 51.0 75.0 75.0 8.2 6.8 9.7 52.3 3.7 75.0 75.0 31.8 52.3 30.2 51.7 75.0 30.2 75.0 22 33 * 2.4 P 63.0 56.9 63.1 3.2 3.2 62.8 3.7 4.0 62.9 63.1 2.2 34.0 3.5 9.4 75.0 3.3 4.1 3.4 3.2 63.2 4.0 63.1 2.5 3.2 3.4 3.0 10.4 2.2 4.3 35 46 * 2.6 P 75.0 75.0 75.0 5.2 5.1 75.0 5.0 5.0 75.0 75.0 5.0 4.4 4.2 4.5 75.0 4.5 2.8 4.9 4.9 75.0 4.2 75.0 3.9 4.5 4.6 5.0 10.0 4.8 4.4 50 60 H 4.9 H 2.1 1.6 2.4 1.7 1.9 2.7 0.5 1.7 2.0 3.5 1.4 2.2 2.7 1.8 3.1 2.2 2.1 2.1 1.6 2.3 1.4 3.5 1.6 1.1 2.0 1.6 1.5 1.8 1.6 62 64 C 4.8 H 5.0 1.7 7.8 4.0 3.0 7.2 4.0 5.0 5.0 7.0 4.3 5.7 4.3 4.3 5.8 5.3 3.0 2.3 3.3 6.0 5.3 6.3 4.3 4.0 3.3 3.0 3.7 3.3 28.8 65 72 - 4.9 H 75.0 5.8 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 73 76 * 2.4 P 75.0 4.8 75.0 3.8 3.0 75.0 3.5 3.8 75.0 75.0 3.0 4.0 3.5 3.5 75.0 3.5 3.5 3.8 2.5 75.0 3.5 75.0 3.0 3.5 3.5 4.0 3.8 2.8 3.0 78 85 H 4.9 H 3.6 3.2 3.2 3.4 3.8 13.0 3.9 3.2 3.0 4.2 3.8 3.2 3.8 2.6 2.8 2.5 2.9 2.8 3.4 3.8 3.8 3.2 3.0 3.6 2.2 3.0 11.8 3.9 3.4 87 91 * 3.2 M 75.0 75.0 75.0 21.3 75.0 75.0 6.1 20.9 75.0 75.0 20.5 6.6 7.7 6.1 75.0 21.4 61.2 20.4 20.9 75.0 19.6 75.0 4.6 6.5 19.2 19.6 19.2 34.5 33.8 92 94 - 4.8 H 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 5.7 75.0 75.0 75.0 7.2 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 96 97 C 4.7 H 5.0 3.5 4.5 4.5 5.8 5.5 42.0 75.0 6.0 5.5 6.8 4.5 75.0 40.0 5.5 7.0 5.5 5.0 6.0 4.5 11.5 6.0 39.0 41.0 4.5 8.5 5.0 4.5 8.2 98 99 * 1.1 P 5.5 5.0 5.0 6.5 7.5 5.5 1.5 7.0 7.0 6.5 6.0 7.0 42.8 5.0 7.0 7.5 5.5 10.2 5.5 6.5 5.0 5.5 5.0 5.5 4.5 4.5 6.5 6.0 5.0 100 112 H 4.9 H 3.3 2.6 3.5 2.3 3.5 8.7 2.8 2.5 3.6 3.2 2.6 3.0 3.5 2.4 3.8 3.1 2.8 3.8 2.8 3.7 3.0 3.8 3.0 2.4 2.8 3.0 3.3 2.8 2.8 113 117 * 3.1 M 32.4 5.5 34.1 32.8 33.7 33.4 46.8 47.1 34.1 34.2 34.1 32.4 47.6 46.2 34.1 33.3 33.4 61.4 33.4 33.6 33.0 34.4 46.4 33.6 33.2 32.9 32.2 33.3 46.2 118 119 - 4.3 M 75.0 7.0 75.0 75.0 4.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 7.2 1.5 75.0 75.0 75.0 5.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 6.5 42.8 120 141 * 2.9 P 75.0 36.4 75.0 9.9 20.1 75.0 6.9 13.6 75.0 75.0 13.7 22.9 13.9 3.7 75.0 10.3 20.7 17.0 17.0 75.0 16.0 75.0 14.1 7.3 10.7 7.4 23.3 10.0 17.2 142 147 - 4.6 H 63.3 5.4 75.0 75.0 75.0 63.7 75.0 75.0 63.2 63.3 75.0 75.0 18.4 75.0 63.7 63.8 75.0 42.5 75.0 63.7 75.0 63.3 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 40.2 75.0 148 157 * 4.1 M 4.1 2.1 3.9 75.0 75.0 4.2 75.0 75.0 1.4 4.8 75.0 75.0 75.0 75.0 3.2 75.0 75.0 75.0 75.0 4.0 75.0 4.4 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 158 165 - 4.5 M 39.5 4.9 22.2 75.0 75.0 39.6 75.0 75.0 4.8 66.1 75.0 75.0 75.0 75.0 23.8 75.0 75.0 75.0 75.0 32.1 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 >>>>>>