Reading input alignment file to find conserved blocks of secondary structure

The input structure based alignment from Comparer
_____________________________________________

>P1;d1cxzb-
CCHHHHCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC----CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC

>P1;d4nkgb-
-------------------------CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCC-CCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCC
PSA

>P1;d1cxzb-
6201763a14b491848a1484068115304521770555377048637715979----782671576173056417506512820874

>P1;d4nkgb-
-------------------------c479267617815742680475297356-95992762560584176046518614650574689


Translating the sequences
*************************HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*C----CC*HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC
-------------------------**HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH***-C****CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*CC

46585.tem
_________________________________
-------------------------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-C----CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC




Structural block scores
0	24	-	3.0	P	  5.1  75.0

25	52	H	4.6	H	  4.2  5.4

55	58	-	3.0	P	  75.0  6.2

59	60	C	5.0	H	  7.5  6.5

61	86	H	4.8	H	  4.0  4.3

87	88	C	5.0	H	  5.5  8.5

>>>>>>