Reading input alignment file to find conserved blocks of secondary structure

The input structure based alignment from Comparer
_____________________________________________

>P1;d1grja1
C-CEEEEHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHEEEECCCC

>P1;d2f23a1
-CCEEECHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHEEECCC--

>P1;d2p4va1
CCCCEECHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCEECCCCC
PSA

>P1;d1grja1
7-65527497066156317614652346057505704878948719814714643b61444083057517606142978

>P1;d2f23a1
-a82515785467235405504-6538715761564574a85a77892671595265047407714640840735a8--

>P1;d2p4va1
986562568427725932561767334706851780686767983a515613652740475265055217916257899


Translating the sequences
C-CEEE*HHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHCCCC***CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHEEE*CCCC
-CCEEECHHHHHHHHHHHHHHH-*HHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHEEECCC--
CCC*EECHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHH**CCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*EECCCCC

46557.tem
_________________________________
CCCEEECHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHEEECCCCC




Structural block scores
0	2	C	4.3	M	  29.3  31.2  7.7

3	5	E	4.7	H	  4.0  2.7  4.3

7	22	H	4.9	H	  4.5  8.8  5.0

24	36	H	5.0	H	  3.7  4.8  4.5

37	44	C	4.4	M	  6.5  7.4  6.8

45	70	H	5.0	H	  4.6  4.7  4.4

71	73	E	4.7	H	  2.3  3.3  3.0

74	78	C	4.4	M	  6.0  34.7  7.6

>>>>>>