Reading input alignment file to find conserved blocks of secondary structure

The input structure based alignment from Comparer
_____________________________________________

>P1;d3rkoa-
-CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCC

>P1;d4he8a-
CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC-CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCC---
PSA

>P1;d3rkoa-
-b8788678478667957887858876397a38674027347416756563476387356559738aa3787147257717575781584507676

>P1;d4he8a-
b56888777787869778869557867a7-98897648723441783486045637626872cb59794559247346825892371776619---


Translating the sequences
-CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*CCC***
*CC*HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*-CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCC---

418779.tem
_________________________________
-CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCC---




Structural block scores
1	2	C	5.0	H	  9.8  5.5

3	28	H	4.8	H	  6.9  7.3

30	32	C	5.0	H	  7.2  8.3

33	59	H	5.0	H	  4.9  5.1

60	64	C	5.0	H	  5.8  7.6

65	89	H	4.9	H	  5.8  5.6

90	92	C	5.0	H	  4.0  5.3

93	95	-	3.0	P	  6.3  75.0

>>>>>>