Reading input alignment file to find conserved blocks of secondary structure

The input structure based alignment from Comparer
_____________________________________________

>P1;d3rkoj-
CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCC-CCCCCCCCHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCC

>P1;d4he8j-
CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHIIIIIHHHHHHHHHHHC-CCCCCCCC--CCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCC------
PSA

>P1;d3rkoj-
a98647424650860555186434346216432501513041441703543055048550365067636415658616977865676556a47596468777777755976898aa9-a7a2856859554744665668637777798778767667894879ac88a

>P1;d4he8j-
a8a75a71573294067428737443621703252152209224674354608404765086405872662588-9027a66b--99586a5866777868a7697767b79c5b589a8a681353843566476964a6376577776458877958878b------


Translating the sequences
C*HHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHH*CCCCCHHH**CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCC-CCCCCCCCHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCC******
CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHH*****HHHHHHHHHHH*-CCCCC***--CCCC***HHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCC*CCCCCCCCHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH**CCC------

418778.tem
_________________________________
CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHH-CCCCCHHH--CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCC-CCCCCCCCHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCC------




Structural block scores
1	20	H	4.9	H	  5.0  5.7

21	23	C	5.0	H	  3.7  4.7

24	44	H	5.0	H	  2.9  3.2

45	47	C	5.0	H	  3.3  4.7

48	56	H	5.0	H	  3.8  4.2

58	73	H	4.4	M	  4.2  5.0

75	79	C	5.0	H	  5.8  5.7

80	82	H	3.0	P	  7.0  7.8

83	84	-	3.0	P	  5.5  75.0

85	88	C	5.0	H	  5.8  7.8

89	110	H	4.7	H	  6.7  7.4

111	116	C	5.0	H	  9.2  8.5

118	125	C	5.0	H	  7.1  6.5

126	133	H	5.0	H	  5.4  4.9

134	137	C	5.0	H	  5.8  7.0

138	159	H	4.8	H	  7.0  6.6

160	162	C	5.0	H	  6.3  8.8

163	168	-	3.0	P	  9.8  75.0

>>>>>>