Reading input alignment file to find conserved blocks of secondary structure

The input structure based alignment from Comparer
_____________________________________________

>P1;d3rkog-
CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCHHHCCCCCC

>P1;d4he8k-
----CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC-CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCHHHCCCCCC
PSA

>P1;d3rkog-
a8539754650763577056728746324421504441270603353151657c696085446625662874487157718726975a80326256a98d

>P1;d4he8k-
----79717608835660473385483144217142523707143461506689-8a266418737782785489449717540684a83259546aa7f


Translating the sequences
****HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*C*CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*CCCCCCCCHHHCCCCCC
----*HHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC-CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCHHHCCCCCC

418777.tem
_________________________________
----HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC-CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCHHHCCCCCC




Structural block scores
0	3	-	3.0	P	  6.6  75.0

4	23	H	4.9	H	  5.3  5.2

24	26	C	5.0	H	  4.3  5.0

27	52	H	4.9	H	  3.3  3.6

56	82	H	4.9	H	  5.0  5.7

83	90	C	5.0	H	  6.1  5.2

91	93	H	5.0	H	  3.3  6.3

94	99	C	5.0	H	  8.7  10.1

>>>>>>