Reading input alignment file to find conserved blocks of secondary structure The input structure based alignment from Comparer _____________________________________________ >P1;d4o5ja- --CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCEEEEEC-----CEEECCCCCCCCCHHHHHHCCC-----------CCCCEECHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCEEHHHCCCCCCCCCCCCCCCEECHHHC-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCC-------CCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH--CCC---HHHHH-HHHCHHHCCCCCCC----CCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHH---HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCC--------------------------------------C >P1;d4zh7a1 CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH---HHCCCCCCHHHCCCCCCCEEEEEEEEC----CEEEEEECCCCCCCCC--CCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-----CCCCCCC---------CHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCEEECCC------------CCEEEHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCC-CCCCCCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHCCHHHHHHHHHCCCC-CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHCCCEEEEECCCCCCCCCEEEEECHHHHHHHHHHHHCC PSA >P1;d4o5ja- --5b83675168258417817621720652940361092036007401423870000200100000000001000320000000546-----80650b1a100326008620a9-----------a05000748206603710630480031b75a4000103529ab74380506500610250042018180000050040891185b911471420450-400510350043046007204604921860962a-------8a07787017101400520440042054017208--605---a3114-001301405076bb----62bb216405504810430581186---2394058005004104317714852770774077056507738--------------------------------------b >P1;d4zh7a1 873284057015206604701620640052930371084046018300145890000000200000000000000---200300069a3750a826441850006----5452040332866096--5300106306602700340083069-----7040057---------508600630250050048000306216------------5651301410760071045006104401811740674708-87002b9b550203710b20730240040045017005301420028619b603800673015-35078a726403036401200005056004504603780872572055035003002408721750271176067305705c19a03700647845916281624041479016504641784 Translating the sequences --*HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH******CEEEEE*-----CEEE********C****H****-----------**CCEECHHHHHHHHHHHHHHHHHH*******CCCCCCC*********CHHHHHHHHHHHHHHHHH*CC*EEHHH************CC*EE*HHHC-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC*CCCC-------CCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH--*CC---HHHHH-HHHC*HHCCCCCCC----CCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHH---HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC*--------------------------------------C **HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH---HHC*****H*****C***EEEEEEEEC----*EEEE***********--CC**CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-----CCCCCCC---------CHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCEEE***------------CCEEEHHHHC*HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH***C-CCCC*******CCCCC***HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH***HCC***HHHHH****C-**CCCCCCC****CCCCCC*****HHHHHHHHHHHHHH***HHHHHHHHHHHHHHHH*HHHHHHHHHHHHHHHHHHHH***CCH**************************************C 418773.tem _________________________________ --HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH---HHCEEEEEH-----CEEEEEEEEEEEC----HEEEE-------------CCEECHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-----CCCCCCC---------CHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCEEEHHH------------CCEEEHHHHC-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC-CCCC-------CCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH--HCC---HHHHH-HHHC-HHCCCCCCC----CCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHH---HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCH--------------------------------------C Structural block scores 0 1 - 3.0 P 75.0 7.5 2 26 H 4.9 H 4.9 3.2 27 28 C 5.0 H 5.5 2.5 29 48 H 5.0 H 3.0 3.0 49 53 C 5.0 H 4.0 5.2 54 74 H 4.9 H 0.2 0.1 75 77 - 3.0 P 1.7 75.0 78 79 H 3.0 P 0.0 1.0 81 85 E 3.0 P 1.8 1.8 87 91 - 3.0 P 75.0 5.1 93 103 E 3.0 P 3.5 3.5 105 108 - 3.0 P 3.5 75.0 110 113 E 3.0 P 5.4 2.8 114 126 - 3.0 P 64.3 15.2 127 128 C 5.0 H 2.5 4.0 129 130 E 3.0 P 0.0 0.0 132 151 H 4.8 H 3.1 3.1 152 156 - 3.0 P 7.6 75.0 157 163 C 5.0 H 1.3 3.3 164 172 - 3.0 P 6.1 75.0 174 191 H 4.9 H 2.3 2.6 192 193 C 5.0 H 4.0 0.0 194 196 E 4.3 M 0.0 3.0 197 199 H 3.0 P 1.7 3.0 200 211 - 3.0 P 4.8 75.0 212 213 C 5.0 H 2.5 5.5 214 216 E 4.3 M 4.0 3.0 217 220 H 4.5 M 2.8 1.5 223 250 H 4.8 H 2.8 3.0 253 256 C 5.0 H 6.9 3.8 257 263 - 3.0 P 75.0 6.3 264 268 C 5.0 H 6.5 2.6 269 297 H 4.7 H 2.7 2.3 298 299 - 3.0 P 75.0 5.0 301 302 C 5.0 H 2.5 5.0 303 305 - 3.0 P 75.0 5.8 306 310 H 5.0 H 3.9 3.4 312 314 H 3.0 P 0.3 1.3 317 318 H 3.0 P 2.5 4.0 319 325 C 5.0 H 5.9 5.8 326 329 - 3.0 P 75.0 1.8 330 335 C 5.0 H 5.7 2.7 336 354 H 4.5 M 3.6 2.8 355 357 - 3.0 P 75.0 5.0 358 397 H 4.8 H 3.8 3.2 398 399 C 5.0 H 5.0 6.8 401 438 - 3.0 P 75.0 4.2 >>>>>>