Reading input alignment file to find conserved blocks of secondary structure The input structure based alignment from Comparer _____________________________________________ >P1;d4wd8a- ----------------CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC-------CCCCHHHHHH--HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC----CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC------CCCHHHHHH-HCCHHHHHHHHH--CC-CHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCC-CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH----------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHCCCC-------------- >P1;d6vx8a- CCCCCHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC--CC--CHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHCCCHHHHHHCCCCCHHHHHHHHCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCC PSA >P1;d4wd8a- ----------------91783174046206402734891c-------7848395169--5174056705800650771244057105302700430051057216----92670055002000000000013019------6812a2055-106584083037--28-72074006003710470476850-789327503610650590080045039750687634705740370035002000462----------69601840383067104503505512700378a60060771075018203920b4-------------- >P1;d6vx8a- 9ca67677667113332065217603860372154038826796137106403613560557503720480185047125304510--04--037017102810246594057004100100200100001300710574037154017380057813650494b2994114000610481043027472077881275035207604540140462477506883475048304800810210202024939299168346505901530360003015052138004566501804710640272015100760679a8a868997 Translating the sequences ----------------**HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC-------****HHHHHH--HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH**HH**HHHHHHHHHHHCC----**HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*------CC*HHHHHH-HCCHHHHHHHHH--CC-CHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCC-CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH----------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHH***C-------------- ****************HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*CC*******HHHHHHHH*****HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH**--**--*HHHHHHHHHHCC****HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*H******CCHHHHHH***CCHHHHHHHH***CC*C***HHHHHHHHHHHHHHHCCCC*CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH********************HHHHHHHHHHHHHHHHHHH*CCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHC************** 418750.tem _________________________________ ----------------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC-------HHHHHHHHHH--HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH--HH--HHHHHHHHHHHCC----HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH------CCHHHHHHH-HCCHHHHHHHHH--CC-CHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCC-CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH----------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHC-------------- Structural block scores 0 15 - 3.0 P 75.0 5.9 16 37 H 4.7 H 4.3 3.6 38 39 C 5.0 H 6.8 5.0 40 46 - 3.0 P 75.0 5.6 47 56 H 3.8 M 6.0 2.9 57 58 - 3.0 P 75.0 3.0 59 85 H 4.8 H 3.6 3.4 86 87 - 3.0 P 4.0 75.0 88 89 H 3.0 P 1.0 2.0 90 91 - 3.0 P 3.5 75.0 92 102 H 4.8 H 2.5 2.7 103 104 C 5.0 H 3.5 1.0 105 108 - 3.0 P 75.0 6.0 109 134 H 4.7 H 1.9 1.4 135 140 - 3.0 P 75.0 2.8 141 142 C 5.0 H 7.0 5.0 143 149 H 4.4 M 3.6 3.0 152 153 C 5.0 H 3.0 2.5 154 162 H 4.8 H 4.2 4.8 163 164 - 3.0 P 75.0 7.8 165 166 C 5.0 H 5.0 5.5 169 186 H 4.7 H 2.9 2.3 187 190 C 5.0 H 4.8 3.2 193 218 H 5.0 H 3.8 3.7 219 222 C 5.0 H 4.5 4.5 223 248 H 4.6 H 3.2 3.1 249 258 - 3.0 P 75.0 6.0 259 283 H 4.5 M 3.6 2.7 284 295 C 5.0 H 4.1 3.8 296 312 H 4.6 H 3.7 2.4 314 327 - 3.0 P 75.0 7.4 >>>>>>