Reading input alignment file to find conserved blocks of secondary structure The input structure based alignment from Comparer _____________________________________________ >P1;d4adya2 CCCHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHH----------HHHHHHCCHHHHHHHHCCCCC-CCC-CCHHHHHHHHHHHCC--HHHHHHHHHHHHHHCCCCCC--HHHHHHHHHHHC-CHHHHCCCC---------CCCCCCC-----CCCHHHHHHHHCC-HHHHHHCCC-CHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCC--CCHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHCCHHHHH--HHHHHHHHC------CCCHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHCC >P1;d4cr2z2 CC--CHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHCC-CCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHCCCCC-----HHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHHCC----CHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHCC--CHHHHHHHHHHHHHC--CHHHHCCCCCCHHHHHCCCCCCCCCHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHCC PSA >P1;d4adya2 b50762073075a748313700620394078----------237301841730261275990-832-300100010122246--58301700100594051755--800640375036-018505408---------747016a-----6055312500430-551176671-70031007010241037006836674963263035006203651--93760333004300720a990308000400240531910260056048586b4146003300660587016--502840673------a06881171044811776776678767c >P1;d4cr2z2 56--220740484839704800630180059631a62a467246106604640271086770560421000000000106647067200400050-752631557a610710040025101720882198a390ab4335340602a6420448006303400240053780930061014130481037008455-----14600550280037647597540141015004537----305300700281a3691037003606--749203700440185--79108593014102832896836038803600637415757767768979 Translating the sequences CC**HHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHH----------HHHHHH**HHHHHHHH*CCCC-C**-**HHHHHHHHHHHCC--HHHHHHHHHHH*HHCCCCCC--HHHHHHHHHHH*-*HHHH****---------CCCCCCC-----CCCHHHHHHHH**-HHHHHHCC*-*HHHHHHH*CCHHHHHHHHHHHC*****HHHHHHHHHHHHHHCC--CCHHHHHHHHHHHHHHC****CHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHH**C**HHHHHHHHHHHH**HHHHH--HHHHHHHH*------CCCHHHHHH*CCHHHHHHHHHHHHHHCC CC--*HHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHH**************HHHHHHHHHHHHHHHHHCCCC*CHH*HHHHHHHHHHHHHCC*****HHHHHH**-**CCCCCC***HHHHHHHHHHH*HHHHHHHHH*********CCCCCCC*****CCCHHHHHHHHHH*HHHHHHCCH*HHHHHHHHHCC**HHHHH****C-----HHHHHHHHHHHHHHCC**CC*HHHHHHHHHHHH*C----CHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHH**--CHHHHHHHHHHHHH*--*HHHH******HHHHH******CCCHHHHHHHCC*HHHHHHHHHHHHHCC 345915.tem _________________________________ CC--HHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHH----------HHHHHHHHHHHHHHHHHCCCC-CHH-HHHHHHHHHHHHHCC--HHHHHHHHHHH-HHCCCCCC--HHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHH---------CCCCCCC-----CCCHHHHHHHHHH-HHHHHHCCH-HHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHC-----HHHHHHHHHHHHHHCC--CCHHHHHHHHHHHHHHC----CHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHH--CHHHHHHHHHHHHHH--HHHHH--HHHHHHHHH------CCCHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHCC Structural block scores 0 1 C 5.0 H 8.2 5.5 2 3 - 3.0 P 3.5 75.0 4 8 H 4.6 H 3.6 3.0 9 13 C 5.0 H 5.9 4.8 14 30 H 4.5 M 3.8 3.7 31 40 - 3.0 P 75.0 5.6 41 57 H 4.6 H 3.4 3.4 58 61 C 5.0 H 5.8 5.0 64 65 H 3.0 P 2.5 2.0 67 79 H 4.7 H 0.9 0.6 80 81 C 5.0 H 5.0 5.0 82 83 - 3.0 P 75.0 3.5 84 94 H 4.1 M 2.3 2.2 96 97 H 3.0 P 6.5 6.0 98 103 C 5.0 H 3.8 3.7 104 105 - 3.0 P 75.0 8.8 106 117 H 4.7 H 3.5 2.2 119 127 H 3.9 M 3.4 3.2 128 136 - 3.0 P 75.0 7.3 137 143 C 5.0 H 5.1 3.4 144 148 - 3.0 P 75.0 4.5 149 151 C 5.0 H 3.7 2.0 152 161 H 4.6 H 2.3 2.8 163 168 H 5.0 H 4.2 2.3 169 170 C 5.0 H 6.5 7.5 173 181 H 4.6 H 2.0 1.8 182 183 C 5.0 H 0.5 1.5 184 194 H 3.9 M 3.1 3.6 196 200 - 3.0 P 6.4 75.0 201 214 H 5.0 H 2.8 2.9 215 216 C 5.0 H 3.0 5.0 217 218 - 3.0 P 75.0 6.0 219 220 C 5.0 H 6.0 8.0 221 234 H 4.7 H 2.7 2.4 236 239 - 3.0 P 7.1 75.0 241 251 H 5.0 H 1.6 2.4 252 253 C 5.0 H 4.0 6.8 254 265 H 4.7 H 2.8 3.4 266 267 - 3.0 P 6.5 75.0 269 282 H 4.6 H 3.6 3.4 283 284 - 3.0 P 2.5 75.0 285 289 H 4.6 H 4.4 5.0 290 291 - 3.0 P 75.0 7.0 292 300 H 3.9 M 3.9 2.4 301 306 - 3.0 P 75.0 6.0 307 309 C 5.0 H 5.5 3.0 310 316 H 4.7 H 3.7 3.6 317 318 C 5.0 H 4.0 4.5 319 332 H 4.9 H 6.0 6.1 333 334 C 5.0 H 9.8 8.0 >>>>>>