Reading input alignment file to find conserved blocks of secondary structure The input structure based alignment from Comparer _____________________________________________ >P1;d1u04a3 CCHHHHCCCEEECCCCCEEECCCCCHHHHCCCCCCCCCCCCCCHHHHCCCCCCEEEECCCC----HHHHHHHHHHHHHHHHCC------CCCEEEECCCCHHHHHHHHHHHHHCCCC---------CCEEEEEEECCCCCHHHHHHHHHHHHH-CCEEEEEEEHHHHHHCEECCEEEEECHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCC- >P1;d1yvua3 CC---CCCCCEECCCCCEECCC--CCCHHHHH--HCCC-CC-CCC---EEEEEEEEEEC------CHHHHHHHHHHHHHHC-CCC-EEEEEEEEEEECCCCCHHHHHHHHHHCCC-C---------CCCEEEEEECC----HHHHHHHHHHHH--CCCCEEEEHHHHHHC--------CHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCC- >P1;d2bgga2 --------CEEECHHHCEEECCCHHHHHHHHH--HHCCCCCCCCC---CCEEEEEECCCCC----HHHHHHHHHHHHHHHHCCCC-CCCEEEEEECCCCC---HHHHHHHHHHHHHH---------CCCEEEEEECCC-CHHHHHHHHHHHHC--CCCEEEEEHHHCCCC--------CHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCC- >P1;d4g0ma- -----------------------------------------C-----EECCEEEEECCCCCC-CCCCCCCHHHHHHHHHHHCCCEEC-CCCEEEECCHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHC-CCCCCCEEEEEECCCC--CHHHHHHHHHHHCCCCEEEEEEHHHHCC---------CCHHHHHHHHHHHHHHC------- >P1;d4g0xa1 -----------------------------------CCCEECC-----CCCCEEEEECC--CCCCHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCC--CCCCCCEEC-----CHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCEEEEEECCCCC-CHHHHHHHHHHHCCCCCEEEEEHHHHHC---------C--CCCCHHHHHHHHHCCCEECCC >P1;d4krea2 ---CCCCCEECCCCCCCEECCCCC-----CCCCCCCCCCCCC-----CCCCEEEEECCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCEEEECC-----CHHHHHHHHHHHHHHCC-------CCCEEEEEECCC-C-CHHHHHHHHHHCCCCCCEEEEEHHHHHC---------CCHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCC- PSA >P1;d1u04a3 96a757566303357a836236296935814702403027238517a0a612000004508----970180017004103616------45330325042781065026304659c4---------70010000015806a822720453077-26020010525205642299286104661014000501541805155- >P1;d1yvua3 8a---97a35140174574728--a1558005--7060-35-758---40300001037------9624800760172048-070-50725553606188960685048206706-5---------80200000049----a44620261087--103010031730676--------75840107003400520304026- >P1;d2bgga2 --------a33501972316596994146004--54103540b07---4520000023592----83084038205610450030-5b070332209537---3a403620460393---------201000000057-36703760173079--214010023450579--------60682028003600440a05126- >P1;d4g0ma- -----------------------------------------b-----415300000003738-93403c6018601610654a0405-8100424270720674a40471055016104665-c615060000000682--92274046002550a0300202035019---------c0793236007404832------- >P1;d4g0xa1 -----------------------------------8475613-----40720000000--88077720541067108077696057--811160351-----645415710462285036509ba760300000023b1c-9059301500673080300003053047---------5--a72660026026319061498 >P1;d4krea2 ---a95751402696825070aaa-----84719b1304602-----60820000000448706873056005402720671302077512136327-----92b3036005505842b-------b0300000026a-1-8068202500673081300005073039---------15783026003600630a05225- Translating the sequences ************C***CEE*CC*************CCC*CCC******CCC**EEE*CCCC----HHHHHHHHHHHHHHHHCC------CC*EEE*C******HHHHHHHHHH****---------CC*EEEEEECCC*C**HHHHHHHHHHH-CC**EEEEEHHHHH************HHHHHHHHHHHHHHCCCCCCC- **---*******C***CEE*CC--********--*CCC-CC-***---***EEEEE**C------*HHHHHHHHHHHHHH*-CCC-*****EEEE********HHHHHHHHH***-*---------CCCEEEEEECC----*HHHHHHHHHHH--CCC*EEEEHHHHH**--------C*HHHHHHHHHHHHHHCCCCCCC- --------****C***CEE*CC**********--**CC*CCC***---CC*EEEEECCCCC----HHHHHHHHHHHHHHHHCCCC-**C**EEEE*C***---HHHHHHHHHHHHHH---------CCCEEEEEECCC-C**HHHHHHHHHH*--CCCEEEEEHHH**C*--------C*HHHHHHHHHHHHHHCCCCCCC- -----------------------------------------C-----**CCEEEEECCCCC*-*******HHHHHHHHHHHCCC***-CCCEEEE*C******HHHHHHHHHHHHHH*****-***CCCEEEEEECCC*--*HHHHHHHHHHH*CCC*EEEEEHHHH*C---------C*HHHHHHHHHHHHHHC------- -----------------------------------CCC**CC-----*CCCEEEEECC--C****HHHHHHHHHHH*****CCCC*--CCC***E*C-----*HHHHHHHHHHHHHH*********CCCEEEEEECCC*C-*HHHHHHHHHHH*CCCCEEEEEHHHHHC---------C--****HHHHHHHHHCCC**CC* ---*********C***CEE*CC**-----******CCC*CCC-----*CCCEEEEECCCCC****HHHHHHHHHHHHHHHHCCCC***CCCEEEE*C-----*HHHHHHHHHHHHHH**-------CCCEEEEEECCC-C-*HHHHHHHHHH**CCCCEEEEEHHHHHC---------C*HHHHHHHHHHHHHHCCCCCCC- 310581.tem _________________________________ -----*******C***CEE*CC**********--*CCC*CCC***--*CCCEEEEECCCCC*-**HHHHHHHHHHHHHHHHCCCC***CCCEEEE*C******HHHHHHHHHHHHHH**-------CCCEEEEEECCC*C-*HHHHHHHHHHH*CCCCEEEEEHHHHHC*--------C*HHHHHHHHHHHHHHCCCCCCC- Structural block scores 0 4 - 4.2 M 7.5 48.7 75.0 75.0 75.0 48.9 5 11 * 3.0 P 4.3 5.6 35.2 75.0 75.0 3.4 13 15 * 2.7 P 7.5 4.0 5.7 75.0 75.0 7.7 17 18 E 4.3 M 4.5 5.5 2.0 75.0 75.0 2.5 20 21 C 4.3 M 4.5 5.0 7.0 75.0 75.0 5.2 22 31 * 3.2 M 5.4 18.4 4.3 75.0 75.0 41.5 32 33 - 4.1 M 1.0 75.0 75.0 75.0 75.0 5.0 35 37 C 4.4 M 1.0 2.0 1.7 75.0 6.3 1.3 39 41 C 4.4 M 4.0 27.7 3.0 53.8 3.3 2.7 42 44 * 3.4 M 4.7 6.7 6.2 75.0 75.0 75.0 45 46 - 4.5 M 8.8 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 48 50 C 4.2 M 5.8 2.3 3.7 3.0 3.0 3.3 51 55 E 4.8 H 0.4 0.2 0.0 0.0 0.0 0.0 56 60 C 4.4 M 3.4 32.0 4.2 2.6 31.6 3.2 63 64 * 3.4 M 75.0 75.0 75.0 6.0 7.0 7.0 65 80 H 4.6 H 2.9 4.0 3.6 3.7 3.8 3.4 81 84 C 4.5 M 39.2 20.5 0.8 4.6 5.0 1.5 85 87 * 3.2 M 75.0 26.7 30.5 26.7 52.3 4.7 88 90 C 4.1 M 28.0 4.7 2.3 3.0 3.3 2.7 91 94 E 4.5 M 2.2 4.8 2.5 2.5 2.5 3.2 97 102 * 2.8 P 3.7 5.3 40.0 3.7 63.5 64.0 103 116 H 4.7 H 4.5 9.4 3.8 3.5 3.9 3.8 117 118 * 3.4 M 75.0 75.0 75.0 2.0 1.5 6.8 119 125 - 4.2 M 75.0 75.0 75.0 15.9 7.0 75.0 126 128 C 4.8 H 2.3 3.3 1.0 3.7 3.0 4.8 129 134 E 5.0 H 0.2 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 135 137 C 4.8 H 4.7 29.3 4.0 4.7 5.5 6.2 142 152 H 4.9 H 3.5 3.6 3.9 2.9 3.3 3.3 154 157 C 4.5 M 2.5 19.8 20.5 3.4 2.8 3.0 158 162 E 4.9 H 1.2 0.8 0.6 0.8 0.6 1.0 163 167 H 4.7 H 2.8 3.4 3.4 1.8 2.4 2.6 170 177 - 4.5 M 4.9 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 180 193 H 4.8 H 2.4 2.4 3.1 4.0 9.0 3.1 194 200 C 4.5 M 3.6 2.1 3.5 64.6 4.3 3.5 >>>>>>