Reading input alignment file to find conserved blocks of secondary structure The input structure based alignment from Comparer _____________________________________________ >P1;d2h8aa1 -----CHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHCC-------------CCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCC--HHHHHHHHHHHCHHHHHHHHCC------------------- >P1;d2q7ra1 CHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC-CCCCC----------CCCCHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHC-CHHHHHHHHC-CHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHC-CHHHHHHHHHHHHC---------- >P1;d2uuia1 -C---CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCC-----------CCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC-CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCC >P1;d4al0a- -CCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHCCCHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCC-----CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC-------- PSA >P1;d2h8aa1 -----32760257054325621572287076-------------863929679b6277342427514610451165029106711882195a4047215701530470173118235--9507a42681286018216934------------------- >P1;d2q7ra1 9a9568634404602740591394065414620784b-6a849----------98459403304400410552259027103400446-9185018003-007502700551688a7b16697701792366064-15515766647668---------- >P1;d2uuia1 -a---a93760570275066116405740560186380869-----------738437404212402330473166028103400543-6244017105600700340052127468423913610570186046116604686756777778767776a >P1;d4al0a- -69617004004700750361075057318522474400656840683727722571830520540252045005403810530032a17585045104401600540170117558-----973467147503700740464166376668-------- Translating the sequences -----C**HHHHHHHHHHHH**HHHHHHH**-------------*********C***HHHHHHHHHHHHHHH**HHHHHHHHH****C*C***HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCC--*****HHHHHH*HHHHHHHH**------------------- ******C*HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*C-CCC**----------CCCCHHHHHHHHHHHHH**HHHHHHHHHHHHH**C-CHHHHHHHH*-*HHHHHHHHHH**CCCC*********HHHHHHHH*-*HHHHHHHHHHHH*---------- -*---CC*HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*C*CCC-----------*CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH**C-CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*C*********HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*********** -****CC*HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*C*CCC************CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH**C*CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCC-----**HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH***-------- 161084.tem _________________________________ -****CC*HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*C*CCC**-*********CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH**C*CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCC*******HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH***-------- Structural block scores 1 4 * 3.2 M 75.0 7.6 58.9 5.5 5 6 C 4.3 M 2.5 7.0 9.8 3.5 8 34 H 4.8 H 14.5 3.9 3.9 3.4 38 40 C 4.3 M 75.0 8.2 7.7 3.7 41 42 * 3.5 M 75.0 6.5 75.0 7.0 44 52 * 3.4 M 6.6 75.0 67.4 4.7 53 56 C 4.5 M 6.6 6.5 4.5 3.8 57 84 H 4.9 H 3.4 2.8 2.8 2.6 85 86 * 1.0 P 8.0 4.0 4.5 2.5 90 112 H 4.8 H 3.4 6.0 2.3 2.7 113 116 C 4.5 M 4.5 8.4 6.2 6.2 117 123 * 2.3 P 25.9 6.8 4.0 55.9 124 148 H 4.6 H 26.8 7.4 4.3 4.0 149 151 * 3.1 M 75.0 52.7 7.0 6.7 152 159 - 4.3 M 75.0 75.0 7.3 75.0 >>>>>>