Reading input alignment file to find conserved blocks of secondary structure

The input structure based alignment from Comparer
_____________________________________________

>P1;d2j49a1
--------------CCCHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHCHHHHHHHCCCEEEEECHHHHHHHHHHHHHCHHHCHHHHHHHHHHHEEEEEC--

>P1;d2j4ba1
----------------CHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHCC---HHHHHHHCCCCCHHHHHHCHHHHHHHHCCEEEEEEHHHHHHHHHHHHHCC---CHHHHHHHHHHEEEEEECC

>P1;d2nxpa1
CCHHHHHHHHCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHC-CHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHCCCCCCC-CCCCCCCCCHH-HCEEEEEHHHHHHHHHHHCCCC---CCHHHHHHHHCCEEEEEC-
PSA

>P1;d2j49a1
--------------67602700110282059189822530570000000000040046-546306700650044159933930750580657a30981810560477439070465015403820652693107203600962052848--

>P1;d2j4ba1
----------------a1481043027205828982293044000000000003106594496048005512b324---9940760470454730553930471246537080657036502700696a---1910250096204082768

>P1;d2nxpa1
581851162069427280371045028203618b7148303402000000-0100011724a40750165048706972395095038154384-5a483360305-414060456025304610575a---900012005520605258-


Translating the sequences
--------------CCCHHHHHHHHHHHHHCCC***HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*-CHHHHHHHHHHHHHH**HHHHHHHH**CCCCCHHHHHHCHHHHHHH*CCEEEEE*HHHHHHHHHHHHHC*****HHHHHHHHHHEEEEE*--
----------------CHHHHHHHHHHHHH*CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHCC---HHHHHHHCCCCCHHHHHHCHHHHHHHHCCEEEEEEHHHHHHHHHHHHHCC---CHHHHHHHHHHEEEEEEC*
**************CCC*HHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHH*-*HHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHH*CCCC***-**C******HH-**EEEEEHHHHHHHHHHH**CC---C*HHHHHHHH**EEEEEC-

160897.tem
_________________________________
--------------CCCHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHCHHHHHHHHCCEEEEEEHHHHHHHHHHHHHCC---CHHHHHHHHHHEEEEEEC-




Structural block scores
0	13	-	4.0	M	  75.0  75.0  4.1

14	16	C	4.3	M	  6.3  53.5  5.7

17	29	H	4.9	H	  2.2  2.8  2.7

30	32	C	4.7	H	  6.0  6.0  5.0

33	56	H	4.8	H	  2.0  2.1  5.0

57	59	C	4.3	M	  28.7  6.0  3.3

60	73	H	5.0	H	  3.2  4.2  4.4

74	75	C	4.0	M	  3.0  3.0  3.0

76	85	H	4.5	M	  4.8  26.0  4.9

86	90	C	4.8	H	  4.8  4.0  4.2

91	96	H	4.0	M	  6.2  4.0  17.6

98	105	H	4.1	M	  3.9  3.8  3.5

106	107	C	4.0	M	  5.5  5.5  39.5

108	113	E	4.7	H	  3.8  4.0  2.5

114	126	H	4.8	H	  3.5  3.8  3.4

127	128	C	4.5	M	  4.0  8.2  7.8

129	131	-	4.0	M	  4.3  75.0  75.0

133	142	H	4.8	H	  3.5  3.4  1.5

143	148	E	4.7	H	  4.5  3.5  3.0

>>>>>>