Reading input alignment file to find conserved blocks of secondary structure The input structure based alignment from Comparer _____________________________________________ >P1;d2iaza1 --CHHHHHHHHHHHHHH--CCHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCC----CCHHHHHCCHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCC----------- >P1;d2oeea1 --CCHHHHHHHHHHHHH--CCHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHC-CHHHHHHCC----------------CHHHHHHHHHCCHHHHHC-CCCC--CCCHHHHHHH-CCHHHHHC----------- >P1;d2piha1 CCCCHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHCHHHHHHHHHC-CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCC PSA >P1;d2iaza1 --9a9977658457925--627247416804540684a8047117336617733884a----b69837657829850791a4035036258516754563778466666789----------- >P1;d2oeea1 --978886578557746--a3774663671455028599048-04615836b----------------968712770784830330-7059--7645a72777-65688878----------- >P1;d2piha1 ba77a8466657775671594a316125604661773a60660475167158518615867679416705661781585-14807206614703-518825672767679666677578766c Translating the sequences --C*HHHHHHHHHHHHH--CCHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHH*****----**HHHHH**HHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHH***HHHHHHHHHHHHH**C----------- --CCHHHHHHHHHHHHH--CCHHHHHHHHHHHHHHHCHHHH*-*HHHHHH**----------------*HHHHHHHHHCCHHHHH*-****--C*CHHHHHHH-**HHHHHC----------- **CCHHHHHHHHHHHH***CCHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHH***********HHHHHHHHHHHHHH*-HHH*HHHHHHHHHC-CHHHHHHHHHHHHHHH************ 158622.tem _________________________________ --CCHHHHHHHHHHHHH--CCHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHH*****----**HHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHC*CHHHHHHHHHHHHHHHC----------- Structural block scores 0 1 - 4.0 M 75.0 75.0 11.0 2 3 C 4.5 M 9.8 8.0 7.0 4 16 H 4.9 H 6.4 6.5 6.5 17 18 - 4.0 M 75.0 75.0 3.0 19 20 C 5.0 H 4.0 6.8 6.5 21 35 H 5.0 H 4.4 4.7 4.4 37 52 H 4.6 H 4.7 14.0 4.8 53 57 * 2.7 P 6.7 75.0 4.2 58 61 - 4.0 M 75.0 75.0 6.8 62 63 * 2.7 P 8.8 75.0 8.0 64 77 H 4.5 M 6.0 25.3 4.6 78 79 C 4.0 M 5.0 6.0 40.0 80 92 H 4.3 M 4.0 20.2 3.5 96 110 H 4.7 H 5.9 11.2 5.8 112 122 - 4.0 M 75.0 75.0 7.0 >>>>>>