Reading input alignment file to find conserved blocks of secondary structure

The input structure based alignment from Comparer
_____________________________________________

>P1;d3ka1a-
CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHH---CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCC

>P1;d4gr2a-
---CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC-CHHHHHHHHHHCCHHHCHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHC--------

>P1;d4gr6a-
-----CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC-CCHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHH---CCCCC-CHHHHHHHHHHHHCCCC-CCCHHHHHHHHHHHCC-----------
PSA

>P1;d3ka1a-
878866765766845271023007402940587467327307612692383304500500275---35600740482276257435a745777669687648687674786677887

>P1;d4gr2a-
---76896777782434005200730277167867-21630670288271a4068005403754a61380055037226522876175a84696897884776878797--------

>P1;d4gr6a-
-----a8a95857451710440064019507-9467227406710591607407400640186---27900-40572286237835919-6a58787467678678-----------


Translating the sequences
*****HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHH*CCCCHHHHHHHHHHH---CHHHHHHHHHHHHHHHHHH**HHHH**HHHHHHHHHHHHHHH*********
---**HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC*-*HHHHHHHHHHCC****HHHHHHHHHH****HHHHHHHHHHHHHHHHH*CCHHHHCC***HHHHHHHHHHHH*--------
-----**HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*-*CHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHH---C****-*HHHHHHHHHHHHCC**-*CCHHHHHHHHHHH**-----------

158615.tem
_________________________________
---**HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHH---CHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHH*--------




Structural block scores
0	2	-	4.0	M	  7.7  75.0  75.0

3	4	*	2.7	P	  7.0  6.5  75.0

5	32	H	4.8	H	  4.3  4.5  7.3

34	46	H	4.8	H	  4.5  9.6  4.3

47	51	C	4.2	M	  3.8  4.9  3.6

52	62	H	4.9	H	  2.5  3.5  3.3

63	65	-	4.0	M	  75.0  6.8  75.0

67	84	H	4.6	H	  4.0  3.9  8.2

85	86	C	4.0	M	  7.8  4.0  7.0

87	90	H	4.0	M	  5.8  6.9  22.8

91	92	C	4.0	M	  7.0  7.5  7.8

93	107	H	4.5	M	  6.5  7.3  15.9

109	116	-	4.0	M	  7.1  75.0  75.0

>>>>>>