Reading input alignment file to find conserved blocks of secondary structure The input structure based alignment from Comparer _____________________________________________ >P1;d2q9qa1 CCCCCCHHHHHHHHHHHHHCC--CCCCCC--CCCHHHHHHHHHHHHHH----------------HCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC---CCCCCCC-CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCC------------------ >P1;d2q9qb1 CCHHHHHHHHHHHHHHHHHCC--CCCCCC---HHHHHHHHHHHHHHHHHCC--------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHH-HCCCC-CCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHCCCCCCCCCHHHHCCCC-- >P1;d2q9qc- ----CCCHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCC-----HHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCC--CCCCCCCCCCCC >P1;d2q9qd1 CCHHHCHHHHHHHHHCHHH----CCCCCC--CCCHHHHHHHHHHH-------------------CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCC--C---CCCCHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCC--C------------------ PSA >P1;d2q9qa1 42900417505722550584a--910601--17502340653057359----------------80761a604600620272014117952761377---54a9485-8400650485448936542673877647a9------------------ >P1;d2q9qb1 b66951276047125603728--503513---570265055406836972a--------994664576078156105004620460036000001462-8726a-a5521027912540683289366746555146458963a3714731862-- >P1;d2q9qc- ----7316202603640871694602613870254066227506551662385179a4776256427516701540670076047402510440126554904-----691374019802740562288168616735cb74--65316959798b >P1;d2q9qd1 1570048b31750885126----020472--04600960570378-------------------919439605821760366067605210544--7---95929822640044028407854992686588696--a------------------ Translating the sequences CC***CHHHHHHHHHHHHHCC--CCCCCC--***HHHHHHHHHHHHHH----------------H***HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*---CCCC***-CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH****C------------------ CC****HHHHHHHHHHHHHCC--CCCCCC---**HHHHHHHHHHHHHH***--------*****H***HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*HHHHHH**-*CCCC-***CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH****C****************-- ----*C*HHHHHHHHHHH*CC**CCCCCC*****HHHHHHHHHHHHHH****************H***HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH****CCC-----********HHHHHHHHHHHHHHHHH****C****--************ CC***CHHHHHHHHH*HHH----CCCCCC--***HHHHHHHHHHH-------------------****HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH***--*---CCCC****CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH***--C------------------ 158573.tem _________________________________ CC***CHHHHHHHHHHHHHCC--CCCCCC--***HHHHHHHHHHHHHH***--------*****H***HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH**-*CCCC****CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH****C****--**********-- Structural block scores 0 1 C 4.3 M 3.0 8.8 75.0 3.0 2 4 * 1.9 P 3.0 6.7 52.3 2.3 6 18 H 4.8 H 4.0 3.8 3.5 5.0 19 20 C 4.3 M 7.2 5.0 3.5 75.0 21 22 - 4.3 M 75.0 75.0 6.5 75.0 23 28 C 5.0 H 2.8 2.8 3.0 2.5 29 30 - 4.3 M 75.0 75.0 7.5 75.0 31 33 * 1.4 P 4.3 29.0 2.3 3.3 34 47 H 4.8 H 3.7 4.2 3.9 19.3 48 50 * 3.5 M 75.0 6.5 3.7 75.0 51 58 - 4.3 M 75.0 75.0 6.4 75.0 59 63 * 3.5 M 75.0 6.8 5.2 75.0 65 67 * 1.0 P 4.3 6.0 4.7 4.7 68 95 H 4.9 H 3.6 2.5 3.0 9.0 96 97 * 2.2 P 41.0 4.0 5.5 41.0 100 103 C 4.8 H 7.1 6.4 22.0 6.2 104 107 * 2.9 P 23.0 23.9 75.0 5.2 108 111 C 4.3 M 3.0 1.2 4.8 2.5 112 132 H 4.8 H 5.3 5.0 4.5 5.4 133 136 * 1.6 P 6.9 4.0 4.2 41.2 138 141 * 3.5 M 75.0 7.0 8.8 75.0 142 143 - 4.3 M 75.0 6.8 75.0 75.0 144 153 * 3.5 M 75.0 4.2 6.0 75.0 154 155 - 4.3 M 75.0 75.0 9.8 75.0 >>>>>>