Reading input alignment file to find conserved blocks of secondary structure

The input structure based alignment from Comparer
_____________________________________________

>P1;d2gsca1
CCHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC

>P1;d2rlda1
CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCC-CHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHC-CHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC------
PSA

>P1;d2gsca1
7414826026104601620460066049a249700560190053006102500646246106504910750371045028592069741540471085056301721652779

>P1;d2rlda1
88836960473066016304703630276371690-5036003201710660499a556305402-10760173054018584076931550284034018106411------


Translating the sequences
CCHHH*HHHHHHHHHHHHHHHHHHH**HHHCCCHH*HHHHHHHHHHHHHHHHCCC*HHHHHHHHH*HHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH******
CC**HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH**CCC**-*HHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHH*-*HHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*------

158446.tem
_________________________________
CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHH-HHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH------




Structural block scores
0	1	C	5.0	H	  5.5  8.0

2	29	H	4.5	M	  3.4  3.9

30	32	C	5.0	H	  6.7  4.7

33	34	H	3.0	P	  0.0  4.5

36	51	H	4.9	H	  2.4  2.5

52	54	C	5.0	H	  3.3  7.3

55	64	H	4.6	H	  3.4  4.0

66	79	H	4.9	H	  3.1  3.1

80	84	C	5.0	H	  4.4  4.8

85	106	H	4.9	H	  3.6  3.3

107	112	-	3.0	P	  6.0  75.0

>>>>>>