Reading input alignment file to find conserved blocks of secondary structure The input structure based alignment from Comparer _____________________________________________ >P1;d3d19a1 CCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHC-CCCCC---CC-C-CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCC------ >P1;d3d19a2 ------CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCC-CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCC-CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-C------ >P1;d3dbya1 -------CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCC------------CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCC-CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCC---- >P1;d3dbya2 ---------CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCC-CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCC PSA >P1;d3d19a1 a92782873131002003610620130045035102a81691273058137404701-30672---75-a-2757305600570270045046003501830579607a190948403500530350351034016972------ >P1;d3d19a2 ------58343100530361073004004602830486299236306610550581275045137737-900577605700650481036027104611430568606-0807474125015304701720352476-1------ >P1;d3dbya1 -------71683038204610720240045027101961870363046027204702740573------------80570066016105403700350162175a605-07284760660074047026206303525406---- >P1;d3dbya2 ---------5720050035205300a104600a104961692575055015306623850570436287975519603600530171047017005602721559606-0916195044003200500220040092a50a3829 Translating the sequences *******CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*CCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHH*-*****---**-C-CC*HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCC*CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*CCC------ ------*CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHH**********-C*CC*HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCC-CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH**-C------ -------CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*****------------*HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCC-CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH**CCC**---- ---------***HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHH***********C*CC*HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCC-CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*CCC****** 158430.tem _________________________________ ------*CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHH**********-C*CC*HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCC-CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*CCC**---- Structural block scores 0 5 - 4.3 M 6.4 75.0 75.0 75.0 8 33 H 4.9 H 1.9 2.5 2.9 5.6 34 38 C 5.0 H 4.3 4.0 3.4 4.0 39 57 H 4.9 H 7.5 4.1 3.6 4.1 58 67 * 2.0 P 25.5 4.2 39.4 4.0 71 72 C 4.3 M 4.5 2.5 75.0 5.0 74 102 H 5.0 H 3.0 3.2 5.5 3.0 103 107 C 5.0 H 5.8 5.2 5.3 5.2 109 112 C 5.0 H 4.8 3.8 4.2 4.0 113 134 H 5.0 H 2.6 3.0 3.3 1.9 136 138 C 4.5 M 6.0 27.3 3.7 5.8 139 140 * 3.5 M 75.0 75.0 3.0 5.2 141 144 - 4.3 M 75.0 75.0 75.0 5.5 >>>>>>