Reading input alignment file to find conserved blocks of secondary structure

The input structure based alignment from Comparer
_____________________________________________

>P1;d2p61a1
--CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC----CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHC

>P1;d2qupa-
CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCCC
PSA

>P1;d2p61a1
--b7898476778872464055107503600740386358a106403710760171057425a7----988567077237506721740162176844b80906720860181057038

>P1;d2qupa-
e67986573766177156606711760580055006435661076037108601a40270031319486237a5045037307521760283055a93838503831760472046017


Translating the sequences
--CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH**----CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCC***HHHHHHHHHHHHHHHHC
**CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH****C**HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHH***C

158397.tem
_________________________________
--CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH----CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC




Structural block scores
0	1	-	3.0	P	  75.0  10.2

3	36	H	4.9	H	  4.8  4.4

37	38	C	5.0	H	  4.0  4.0

39	63	H	4.8	H	  4.1  3.3

64	67	-	3.0	P	  75.0  5.5

69	93	H	4.8	H	  4.4  3.8

94	98	C	5.0	H	  6.7  7.1

99	117	H	4.4	M	  3.7  3.6

>>>>>>