Reading input alignment file to find conserved blocks of secondary structure

The input structure based alignment from Comparer
_____________________________________________

>P1;d2oo2a1
CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH---EEEC---HHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCEEEC

>P1;d2pmra1
---CHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCC--
PSA

>P1;d2oo2a1
869357305440750382186---0644---7911740673055057219574175044106501430670195550657

>P1;d2pmra1
---35970462185058016507a2a17aa267327504732650463075653a40391045019203601673924--


Translating the sequences
***HHHHHHHHHHHHHHHHHH---EEEC---HHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*CCEE**
---*HHHHHHHHHHHHHHHHH******C***HHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC**--

158372.tem
_________________________________
---HHHHHHHHHHHHHHHHHH---EEEC---HHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCEE--




Structural block scores
0	2	-	3.0	P	  7.7  75.0

3	20	H	4.9	H	  3.9  4.2

21	23	-	3.0	P	  75.0  5.8

24	26	E	3.0	P	  3.3  4.5

28	30	-	3.0	P	  75.0  7.7

31	49	H	5.0	H	  4.2  4.1

50	52	C	5.0	H	  5.3  5.3

53	73	H	4.9	H	  3.3  3.5

74	75	C	5.0	H	  5.0  6.0

76	77	E	3.0	P	  3.0  3.0

78	79	-	3.0	P	  6.0  75.0

>>>>>>