Reading input alignment file to find conserved blocks of secondary structure

The input structure based alignment from Comparer
_____________________________________________

>P1;d2nr9a1
CCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHCCCCCHHHHHCCCHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCHHHHCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC

>P1;d2xova-
---CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHCCCCCHHHCCCCCHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCC-HHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC------
PSA

>P1;d2nr9a1
9388228202702740572164047863961275120037a9169385032100100258601760151033000200421858205600540045008303945439000000000000001610273469209825882686298356216766471307420051046103720751066685868

>P1;d2xova-
---a2472067124305711640576638601682010157825737502420020026850154015106500130085174920550155004500520268452400000000000000041106437270606-a933660670252037972b020547006103600372057206c------


Translating the sequences
***CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHH**CHHHHHHHHCCCCCHHHHHCCCHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHH*CCCCCCCC************HHHHCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH******
---CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHCCCCCHHH**CCCHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCC-HHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*------

144091.tem
_________________________________
---CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHCCCCCHHHHHCCCHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCC-HHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH------




Structural block scores
0	2	-	3.0	P	  6.7  75.0

3	5	C	5.0	H	  4.0  5.5

6	25	H	4.8	H	  3.8  3.7

27	34	H	5.0	H	  4.2  4.2

35	39	C	5.0	H	  2.4  1.4

40	44	H	4.2	M	  7.1  5.8

45	47	C	5.0	H	  5.3  5.0

48	54	H	5.0	H	  1.0  1.4

55	58	C	5.0	H	  1.8  2.0

59	80	H	5.0	H	  2.3  2.7

82	104	H	5.0	H	  3.3  3.1

105	111	C	5.0	H	  2.3  1.6

112	128	H	4.9	H	  1.2  0.9

129	136	C	5.0	H	  5.0  3.9

138	152	H	3.5	M	  5.3  4.2

153	161	C	5.0	H	  4.6  4.8

162	182	H	4.9	H	  2.9  3.4

183	188	-	3.0	P	  6.8  75.0

>>>>>>