Reading input alignment file to find conserved blocks of secondary structure The input structure based alignment from Comparer _____________________________________________ >P1;d1zroa1 -CCHHHHCC-------------------------CCCCCC------CEEEECCCCCC-CCEEEEHHHHHCCCHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCC--CCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHCCCCC---CHHH-CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC----------CCCCHHHHHHHHCCCCCCCCHHHHHH-HHHHHHHHHHC----- >P1;d1zroa2 CCCCHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHCCCHHHHHHHCCCHHHHCCCCCCCEEECCCCCCCCCEEECHHHHCCCCCCHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCHHHHHHHHHHHCCCCCCCC--CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-----------HCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHCCCCHHHHHHHHCHHHCCCCCCCCCCHHHCHHHHHHHHCCCCC >P1;d3rrca1 -CCCCHHHC-------------------------CCCCCCC----CCCCCC-CCC----CCCCCHHHHHCCCHHHHCCC-CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHH----CCC--CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCC--CCH--HHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCC---CCCCCCHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHC-CCCHHHHHHHCCC--- PSA >P1;d1zroa1 -6a305719-------------------------a056a0------50413353a84-a42000100210000000437086285016100400420030016216773687007203100000000010501018c50560361057003a428834a7604840580056018500710276097160--8b21a735001000310094028227931850464079178---9107-686046006705600650340061016304732a----------7925025104642986a304066107-60483156107----- >P1;d1zroa2 4710371067028289926687037045810380308494075974703144027729742000110030300507408684472021000000000001015327a484740161013000003200236020436403401710220083984--6a92046005501780593013001100548710549718b2200010010002300451673263058-----------3047596048307406711740580062017204522777637a08504a370250046208507b2505300577307323740561789 >P1;d3rrca1 -b4253008-------------------------7018335----52030b-438----70000110200001100606-9538402610450042005101620a66557301110100020000000160106373074028105700----778--85065506610580156016000842--174--a5029312000000110022043126712650475069545a932311626404a20760390074046005200720562298691b---3b8086021004500aa09384034102-351a41570045a--- Translating the sequences -CC*HHH*C-------------------------CCCCCC------C*EEECCCCCC-CCEEE*HHHHHCCCHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHH****CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*CCCCCCCC--***CCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*HHHHHHHCCCCC---CHHH-CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH**----------CCCCHHHHHHHHCCCCCCCCHHHHH*-HH*HHHHHHHC----- *CCCHHHH**************************CCC********CCCEEECCCCCC*CCEEECHHHH*CCC**HHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCC*HHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCHHHHHHHHHHH*******C--CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCC**HHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-----------H**CC**HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH**CCC*****CCCCHHHHHHHHC***CCCC*****C*HHCHHHHHHH*CC*** -CCC*HHHC-------------------------CCCCCC*----CCC***-CCC----C***CHHHHHCCCHHHH*CC-C*HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHH*CCCCCCC*HHHHHHHHHHHHH----CCC--**HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCC--CC*--HHH*CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCC***CHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH**CCC---**CCCCHHHHHHHHCCCCC***HHHHHC-**CHHHHHHHCCC--- 140924.tem _________________________________ -CCCHHHHC-------------------------CCCCCC*----CCCEEECCCCCC-CCEEECHHHHHCCCHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHH****CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCC--HHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCC---CHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH**CCC---**CCCCHHHHHHHHCCCCCCCCHHHHHC-HHCHHHHHHHCCC--- Structural block scores 1 3 C 4.7 H 6.5 2.7 5.8 4 7 H 4.5 M 3.2 2.8 2.0 9 33 - 4.0 M 75.0 4.5 75.0 34 39 C 4.5 M 5.3 4.7 3.7 41 44 - 4.0 M 75.0 7.0 75.0 45 47 C 4.3 M 26.7 3.7 2.3 48 50 E 4.0 M 2.7 2.7 4.8 51 56 C 4.5 M 5.6 3.7 40.0 58 59 C 4.5 M 7.2 5.5 41.0 60 62 E 4.0 M 0.7 0.7 0.0 64 68 H 4.8 H 0.8 1.0 0.8 69 71 C 5.0 H 0.0 1.0 0.0 72 76 H 4.4 M 0.8 3.2 1.6 77 81 C 4.6 H 4.8 5.2 19.0 82 103 H 5.0 H 2.0 1.2 2.5 104 109 C 4.8 H 5.0 5.9 5.4 110 127 H 5.0 H 1.6 1.6 0.9 128 135 C 4.9 H 2.0 2.5 2.1 136 149 H 4.7 H 3.6 2.1 3.1 150 153 * 2.7 P 4.9 7.0 75.0 154 157 C 4.2 M 5.8 40.0 24.2 158 180 H 4.9 H 3.7 3.4 6.5 181 189 C 4.6 H 4.2 3.0 19.6 190 191 - 4.0 M 75.0 2.5 75.0 192 194 H 4.0 M 7.2 6.7 5.2 195 199 C 4.8 H 5.3 4.9 3.4 200 227 H 4.9 H 2.8 7.4 2.1 228 232 C 4.0 M 6.4 75.0 5.8 233 235 - 4.0 M 75.0 75.0 7.5 237 239 H 4.3 M 2.7 2.3 1.7 240 241 C 4.5 M 40.5 6.0 4.0 242 274 H 4.9 H 3.3 3.6 3.4 275 276 * 2.7 P 75.0 7.0 7.0 277 279 C 4.0 M 75.0 5.3 7.2 280 282 - 4.0 M 75.0 6.2 75.0 283 284 * 2.7 P 75.0 2.5 7.2 285 288 C 5.0 H 5.8 6.1 5.5 289 296 H 5.0 H 2.8 2.4 1.5 297 304 C 4.2 M 5.3 4.8 5.6 305 309 H 4.0 M 2.6 1.6 1.6 312 313 H 4.0 M 3.0 5.0 4.0 315 321 H 5.0 H 3.4 3.7 3.9 322 324 C 4.0 M 52.3 4.0 6.5 325 327 - 4.0 M 75.0 8.0 75.0 >>>>>>