Reading input alignment file to find conserved blocks of secondary structure

The input structure based alignment from Comparer
_____________________________________________

>P1;d3iam13
CCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHCHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC---CCCCCCCCCC

>P1;d6zk913
CCCHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC--------
PSA

>P1;d3iam13
73030231285056218507562730464028501700340060604471076048105702860667301400630460086449402400664---560482959b

>P1;d6zk913
c743065216504522660847272146104-601700630260307563075037004702a6068730240062003006743730340084267659--------


Translating the sequences
CCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHH*HHHHHHHHH**CCCCHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH**---*C********
CCCHHHHHHHHHHHHHH*CCCCCHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHCCCC*HHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH***HC--------

140490.tem
_________________________________
CCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH---HC--------




Structural block scores
0	2	C	5.0	H	  3.3  7.8

3	17	H	4.9	H	  3.4  3.5

18	22	C	5.0	H	  4.0  4.2

23	30	H	5.0	H	  3.2  3.1

32	42	H	4.6	H	  2.4  2.8

43	46	C	5.0	H	  2.5  2.5

47	60	H	4.9	H	  3.6  3.4

61	67	C	5.0	H	  5.0  5.6

68	94	H	4.9	H	  3.1  2.6

95	97	-	3.0	P	  75.0  6.3

100	107	-	3.0	P	  6.1  75.0

>>>>>>