Reading input alignment file to find conserved blocks of secondary structure

The input structure based alignment from Comparer
_____________________________________________

>P1;d4w4ka-
------CHHHHHHHH---------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCC----CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCC------------------------------------------------------------------------

>P1;d4w4kb-
CHHHCCHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCC
PSA

>P1;d4w4ka-
------899466408---------71497359438715960685163727----6a68a14860786057156648716750673576077145208775a------------------------------------------------------------------------

>P1;d4w4kb-
82785303400470277932995355077367527725662663577177558677188078615405422720671072053016014311502550495014286068037536613672a9562796178147416713850061154254426605753684894283f


Translating the sequences
------*HHHHHHHH---------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHH******----CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH***------------------------------------------------------------------------
******HHHHHHHHH*********HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH****CCCHHHHHHHHH*HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH************************************************************************

140459.tem
_________________________________
------HHHHHHHHH---------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH----CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH------------------------------------------------------------------------




Structural block scores
0	5	-	3.0	P	  75.0  5.5

6	14	H	4.8	H	  6.0  2.2

15	23	-	3.0	P	  75.0  6.0

24	49	H	4.5	M	  5.1  5.0

50	53	-	3.0	P	  75.0  6.0

54	56	C	5.0	H	  7.5  5.0

57	100	H	4.8	H	  5.1  3.5

101	172	-	3.0	P	  75.0  4.8

>>>>>>