Reading input alignment file to find conserved blocks of secondary structure

The input structure based alignment from Comparer
_____________________________________________

>P1;d2vs0a-
CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC

>P1;d3fava-
------CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-C

>P1;d3favb-
-----CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC----

>P1;d4j42a-
-CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC--
PSA

>P1;d2vs0a-
5a6196047507741760773366164667529843775ba9614753872787367458605513633972562057378

>P1;d3fava-
------5aa73a525640864467176528828749a727caa087367747934770684375067404826736988-8

>P1;d3favb-
-----c588608826a61873567177437515761973958a2a71572188358816851651575064256707----

>P1;d4j42a-
-77784587656857874585877687467736717b738ca2587379636817744666757579484757767698--


Translating the sequences
******HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC****HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH***
------*HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*****CC****HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*-*
-----*HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*C****HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*----
-*****HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC****HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*--

140453.tem
_________________________________
-*****HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC****HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*-*




Structural block scores
1	5	*	3.3	M	  6.5  75.0  62.5  6.6

6	37	H	4.9	H	  4.8  5.9  5.5  6.4

38	39	C	4.7	H	  8.2  4.5  6.0  5.5

40	43	*	1.0	P	  6.6  8.4  6.4  7.5

44	77	H	5.0	H	  4.9  5.4  6.9  6.1

>>>>>>