Reading input alignment file to find conserved blocks of secondary structure

The input structure based alignment from Comparer
_____________________________________________

>P1;d2j9ua-
-CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCC--CCCCHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC-

>P1;d2j9wa1
CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC
PSA

>P1;d2j9ua-
-4799428603920660160057a441174035203501600340177--7171283056016506728885405a951650161043038207831-

>P1;d2j9wa1
c7498027503720530053057832115603520560130046096048a05016202611650881769560799319602810630250046328


Translating the sequences
-**HHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCC--CC**HHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*-
*HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHH*CCC**CCHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*

140427.tem
_________________________________
-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCC--CCHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-




Structural block scores
1	21	H	4.8	H	  4.1  3.6

22	26	C	5.0	H	  5.3  4.2

27	44	H	4.9	H	  2.4  2.6

45	47	C	5.0	H	  5.0  5.0

48	49	-	3.0	P	  75.0  6.0

50	51	C	5.0	H	  4.0  5.2

52	65	H	4.7	H	  3.6  3.1

66	74	C	5.0	H	  5.2  5.4

75	96	H	4.9	H	  3.8  3.6

>>>>>>