Reading input alignment file to find conserved blocks of secondary structure

The input structure based alignment from Comparer
_____________________________________________

>P1;d2etsa1
----CHHHHHHHHHHHC-CHHHHHHHHHCCCCCCCCCHHHHHHHHC-CCC-CHHH-CCHHH---CCC-CHHHHHHHHHHHHHHHHHCCC-CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC-----

>P1;d2huja1
--CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC-CCCCCCCC--CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-CCCCCCHHHHHHHHHHHC-CCCHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHC-CHHHHHCC--C

>P1;d2im8a-
CHHHHHCCCC-CHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC
PSA

>P1;d2etsa1
----5a40540270064-4720350287684266784054116605-108-0496-47028---087-857406500520450153004-51558702720660371061127216-----

>P1;d2huja1
--512720440160045017203604-a3594778--6552364055006301730151067-606a16486046008205-007401708294870255036037202-03632578--a

>P1;d2im8a-
9368148057-07306603820771178679366884042135715620770262037118579067075830570692023004100218296950740166027004004700751689


Translating the sequences
----*HHHHHHHHHHH*-*HHHHHHHH*CCCCCCCCCHHHHHHHH*-***-*HHH-**HHH---CCC-CHHHHHHHHHHHHHHHHH**C-CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH**-----
--*HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*-CCCCCCCC--**HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-CCCCCCHHHHHHHHHHH*-***HHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHH*-*HHHHH**--C
***HHH****-*HHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*CCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH****C

140415.tem
_________________________________
--*HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-CCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH**--C




Structural block scores
0	1	-	4.0	M	  75.0  75.0  6.0

3	26	H	4.5	M	  9.5  5.6  6.9

27	36	C	4.7	H	  5.8  20.4  6.5

37	61	H	4.5	M	  15.1  3.2  3.4

63	68	C	4.7	H	  28.8  4.9  4.8

69	87	H	4.6	H	  2.7  6.8  2.9

88	92	C	4.6	H	  18.0  5.2  4.4

93	115	H	4.8	H	  3.5  6.4  3.3

116	117	*	2.7	P	  75.0  7.5  3.0

118	119	-	4.0	M	  75.0  75.0  7.0

>>>>>>