Reading input alignment file to find conserved blocks of secondary structure

The input structure based alignment from Comparer
_____________________________________________

>P1;d1xdpa1
CCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHCCC

>P1;d2o8ra1
C-CCCCCCC-CCHHHHHHHHC-CCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCC-----------CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHCC
PSA

>P1;d1xdpa1
baa58973600510540551074034582715502730950582266047551250665178459b71c87188129408641771686269147-4047227669

>P1;d2o8ra1
9-a788a87-15218604700-204469371750373074057218704662046167669a-----------a4267077316506722560367304413986a


Translating the sequences
C*CCCCCCH*HHHHHHHHHHH*HHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*HHHHHHHHHHH***********HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHH*CC
C-CCCCCC*-**HHHHHHHH*-***CCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH***-----------*HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH**HHHHHHHCC

140356.tem
_________________________________
C-CCCCCCH-HHHHHHHHHHH-HHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-----------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHCC




Structural block scores
2	7	C	5.0	H	  7.1  8.7

10	20	H	4.5	M	  2.4  3.1

22	24	H	3.0	P	  2.3  2.0

25	29	C	5.0	H	  5.2  5.8

30	61	H	4.8	H	  4.0  4.4

62	72	-	3.0	P	  6.7  75.0

73	94	H	4.9	H	  4.9  4.3

96	103	H	4.5	M	  4.0  4.0

104	105	C	5.0	H	  7.5  8.2

>>>>>>