Reading input alignment file to find conserved blocks of secondary structure

The input structure based alignment from Comparer
_____________________________________________

>P1;d2f66c1
-------------CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC---CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCC---------------------------------

>P1;d2f6ma2
----------------CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-CCC----CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHCCC----------------------------C

>P1;d2f6mb2
CHHHHCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCC----CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHC----

>P1;d6vmee-
---CCCCCCCCCCC---CC-CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCC----CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHC----CCCCHHHHHHHHHCCCCC
PSA

>P1;d2f66c1
-------------9a799467637825750682476077268719---738698457626753771274164357618729---------------------------------

>P1;d2f6ma2
----------------9b9885387145618715852641274288-861----679326960852664075157428-72357b----------------------------b

>P1;d2f6mb2
98888868b95928a927a9446046107506601360172154378962----7888166505710761493375197840863398578729669470940581077a----

>P1;d6vmee-
---a9889aa7738---68-367427207704610660171053267961----56a8048405710860581186059b607618501963----909063025018457143


Translating the sequences
-------------C****HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH**---CC*****HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCC*---------------------------------
----------------**HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-CCC----CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*-******----------------------------*
*************C****HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*CCC----CHHHHHHHHHHHHHHHHHHH***CCC******************************----
---**********C---**-*HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*CCC----CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCC************----******************

140111.tem
_________________________________
---**********C****HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*CCC----CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCC************----**************---*




Structural block scores
0	2	-	4.3	M	  75.0  75.0  8.3  75.0

3	12	*	3.5	M	  75.0  75.0  7.5  8.2

14	17	*	2.6	P	  8.9  42.6  7.1  57.8

18	45	H	4.9	H	  7.7  5.1  3.9  6.3

47	49	C	4.8	H	  28.3  5.0  5.7  5.3

50	53	-	4.3	M	  7.8  75.0  75.0  75.0

55	76	H	4.9	H	  4.6  4.7  4.6  4.4

77	79	C	4.3	M	  5.7  30.0  8.0  8.5

80	91	*	2.9	P	  69.5  46.1  5.7  4.3

92	95	-	4.3	M	  75.0  75.0  5.8  75.0

96	109	*	3.5	M	  75.0  75.0  5.1  3.7

110	112	-	4.3	M	  75.0  75.0  75.0  4.0

>>>>>>