Reading input alignment file to find conserved blocks of secondary structure

The input structure based alignment from Comparer
_____________________________________________

>P1;d4im9a-
-----CCCHHHHHHHHCHHHHHHCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHCCC-

>P1;d6cbra1
CCCCCHHHHHHHHHHHCHHHHHHCCCCCCCHHHCCCHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHC
PSA

>P1;d4im9a-
-----8453000000020610830280570560095091025007304545a073a702630694914a20560184744a769915660370077107501840275045447776079824730650585515-

>P1;d6cbra1
633562141000000001600840470835594184041016007105757c07397027506b5c41750650150361956a6057205500760434145332540374487870699268417505641873


Translating the sequences
-----***HHHHHHHHCHHHHHHCCCCCCC***CCCHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHCCCCCHHHHHHH*CCCCCCC***HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*CCCHHHHHHHHHHHHH***-
*****HHHHHHHHHHHCHHHHHHCCCCCCCHHHCCCHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHH*

117023.tem
_________________________________
-----HHHHHHHHHHHCHHHHHHCCCCCCCHHHCCCHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHH-




Structural block scores
0	4	-	3.0	P	  75.0  4.6

5	15	H	4.5	M	  1.8  0.7

17	22	H	5.0	H	  3.0  3.2

23	29	C	5.0	H	  3.1  3.9

30	32	H	3.0	P	  3.7  6.0

33	35	C	5.0	H	  4.7  4.3

36	48	H	5.0	H	  2.8  2.5

49	53	C	5.0	H	  5.3  6.3

54	61	H	5.0	H	  3.9  4.1

62	66	C	5.0	H	  5.8  7.8

67	74	H	4.8	H	  3.6  3.1

75	81	C	5.0	H	  6.4  4.1

82	115	H	4.8	H	  4.2  4.1

116	118	C	5.0	H	  4.3  4.3

119	134	H	4.6	H	  4.6  5.1

>>>>>>