Reading input alignment file to find conserved blocks of secondary structure

The input structure based alignment from Comparer
_____________________________________________

>P1;d2cpta1
CCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC

>P1;d4a5xa-
-----CHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC-------------------------

>P1;d5fvka-
C-CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC--------------------
PSA

>P1;d2cpta1
8a823741640581075069119677275017104400730650166425789238606650972565066036427a6a6a6b97b6a7a9899b999a979b

>P1;d4a5xa-
-----a5586078307506401856626701730560052044217-92a6a974881655037247406706852687-------------------------

>P1;d5fvka-
6-63970375077106604710957628702700450073043016-51a7794278146525623740560485266687887--------------------


Translating the sequences
C*C**HHHHHHHHHHHHHHHHHH*CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH****C********************
-----*HHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*-------------------------
C-C**HHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-*CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH****C--------------------

116846.tem
_________________________________
C-C**HHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH****C--------------------




Structural block scores
3	4	*	2.7	P	  2.5  75.0  6.0

5	22	H	4.9	H	  4.1  4.6  3.9

23	25	C	4.7	H	  6.7  5.7  6.0

26	45	H	5.0	H	  3.0  3.1  3.0

47	50	C	4.8	H	  4.5  6.9  5.9

51	78	H	5.0	H	  4.9  5.2  4.6

79	82	*	2.7	P	  8.2  75.0  7.8

84	103	-	4.0	M	  9.1  75.0  75.0

>>>>>>