Reading input alignment file to find conserved blocks of secondary structure The input structure based alignment from Comparer _____________________________________________ >P1;d1r0da- CCCHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHC-CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC---CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCC--CCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH---C >P1;d1sj8a2 -------------------------------------CCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCC---------------CCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC--C--CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC----------------- >P1;d1u89a1 -----------------------------------CCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCC----------------------CCHHHHHHHHHHHHHHHHCCC------CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCC PSA >P1;d1r0da- b486550073068176057304811830568407731881416003601800160-4104600610440153005663cb37455101923a00580180144017108501600250016a---5716602600650181056016005740--785637174045017406730760072066137427769---8 >P1;d1sj8a2 -------------------------------------a809784355138305403800850373074007607---------------b6a5355075108606700650373058004314478357615400630571078028014803--9--48128626800730663175027----------------- >P1;d1u89a1 -----------------------------------b77b6867296700710650260055017205760812442b----------------------405a20550370075037206------400401510540381078029205500680669600650361086046006503830490355768599b99 Translating the sequences ************************************CC*****HHHHHHHHHHH*-*HHHHHHHHHHHHH*******************C****HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH**CC---*CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*CC--CCCCC*HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*********---C -------------------------------------CCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCC---------------C****HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCC*****HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC--C--CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHH**----------------- -----------------------------------*CCCCCCC****HHHHHHHHHHHHHHHHHHH****CCCC***----------------------**HHHHHHHHHHHHHHHH*CC------CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH****CCC**HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH************C 109885.tem _________________________________ -----------------------------------*CCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCC***------------C****HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCC---*CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC--CCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*********---C Structural block scores 0 34 - 4.0 M 4.4 75.0 75.0 36 42 C 4.1 M 4.1 16.8 7.5 43 69 H 4.6 H 4.9 3.3 3.3 70 73 C 4.0 M 2.0 5.0 3.8 74 76 * 2.7 P 5.7 75.0 5.8 77 88 - 4.0 M 5.2 75.0 75.0 90 93 * 2.7 P 3.4 6.1 75.0 94 117 H 4.7 H 2.8 3.6 18.4 118 121 C 4.0 M 4.4 2.0 39.0 122 124 - 4.0 M 75.0 5.0 75.0 127 150 H 5.0 H 3.0 3.7 2.9 151 152 C 4.0 M 2.0 1.5 0.0 153 154 - 4.0 M 75.0 75.0 7.0 155 159 C 4.2 M 5.8 34.2 5.4 160 184 H 4.7 H 3.6 15.2 3.3 185 193 * 2.7 P 5.1 75.0 5.3 194 196 - 4.0 M 75.0 75.0 9.8 >>>>>>