Reading input alignment file to find conserved blocks of secondary structure The input structure based alignment from Comparer _____________________________________________ >P1;d6yac3- ------CCCC---CCCCCHHHHCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHCCCCCCCHHHCCCCCCCCC--CHHHCCCC--------CCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC-CCCHHHHHHHHHHCC-CCCCHHHHHCCC--- >P1;d7dkz1- -------CCCCCCC---CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCHHHC-----HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC---------CCCCCHHHCCCCCCCCCCEECCEE--CCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC----CC---------------CHHHHHCCCH-HHCCCCCCCCC--CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCC-----C >P1;d7dz79- ------CCCCCCCC---CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC-----CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC---------CCCCCCCCCCCCCC----------------CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCC---------------CCCCCCCCC---CCCCCC-----CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCC-CCCHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHCCHHHHC >P1;d7dz7u- CCCCCCCCCCCHHHHCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC-----HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC--CCCCCCCHHHHHHHCC--CCCCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHCC-HHHHHHHHHHCCCCCC---------------CC-CCCCCCC-CCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-CCCHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHCCCCC PSA >P1;d6yac3- ------3736---906a7037118396101205148063359b19b85426333053127136138918723631550567b46776030114306--5574763b--------48163973685657744864824552127553208a738551803815971132556554688709-89344651474157048138526816750832-250014264656857-755985278748--- >P1;d7dkz1- -------07358c5---820a21828210140614847065-----7852474314402703602841580364166b---------911234677329798191487a95--27705566467778665576476356----4a---------------555531134c-982680628a8--3565135305703813854670474282469300361676466549834786478-----9 >P1;d7dz79- ------390358c2---a23b11738420150614827067-----6951744204332703612841680364168---------b4311253c9494b----------------567a6455678963962363244015747---------------320538505---5367a7-----749754364056038039437714650636-111046168357774a834783267537725 >P1;d7dz7u- 53259a0512577909b302b30706310120716657167-----77415641263016035137718813521541679--490c4122244b6207--b70316426793553475776677687-4975474469247529---------------92-5502228-664784619689533542063037038129517615540721-740016175457765963499435956689b Translating the sequences ------CCCC---C***C****CCCCCCCCCCCCCCCCCCC********HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH**HHHH***********CCCCC***C--C***CCC*--------CCCC**HHHHHHHHHHHHHHHHHH****CCC***************CC*CCCCCC***CCCCCCCC-****HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC-CCCHHHHHHHHHHCC-CCC*HHHH****--- -------CCCC**C---CCCCCCCCCCCCCCCCCCCC***C-----*HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH**---------CCCCC***C*CC***CCC******--*CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*----CC---------------C*****CCC*-**CCCCCCC**--*HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC*CCCHHHHHHHHHHCCCCCC******-----C ------CCCCC**C---CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC-----*HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*---------*CCCCC***C*CC*----------------CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH****CCC---------------CC*CCCCCC---CCCCCC-----**HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH***C-CCCHHHHHHHHHHCCCCCC*HHHH******C ******CCCCC******CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC-----*HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*****--****CCC*******CC--*CCC*********CCCCHHHHHHHH**-HHHHHHHHH****CCC---------------CC-CCCCCC*-*CCCCCCCC*****HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*-CCCHHHHHHHHHHCCCCCC*HHHH******C 103511.tem _________________________________ ------CCCCC**C***CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC-----*HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*****--****CCCCC***C*CC***CCC******--*CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH****CCC---------------CC*CCCCCC*-*CCCCCCCC*****HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC-CCCHHHHHHHHHHCCCCCC*HHHH******C Structural block scores 0 5 - 4.3 M 75.0 75.0 75.0 5.8 6 10 C 4.7 H 18.8 18.0 4.0 2.6 11 12 * 2.3 P 75.0 10.2 10.2 7.0 14 16 * 3.5 M 5.5 75.0 75.0 6.8 17 40 C 4.8 H 3.5 3.8 4.2 3.6 41 45 - 4.3 M 8.4 75.0 75.0 75.0 47 75 H 4.9 H 3.8 3.7 3.8 3.7 76 80 * 2.8 P 4.6 48.5 61.6 5.4 81 82 - 4.3 M 7.8 75.0 75.0 75.0 83 86 * 3.2 M 6.5 75.0 59.1 6.4 87 91 C 4.7 H 1.0 3.2 2.2 2.2 92 94 * 1.0 P 2.3 5.7 6.8 6.5 97 98 C 4.7 H 40.0 5.5 6.5 3.5 99 101 * 2.7 P 5.3 8.0 53.8 53.8 102 104 C 4.3 M 5.3 3.7 75.0 3.3 105 110 * 3.3 M 64.4 7.2 75.0 4.3 111 112 - 4.3 M 75.0 75.0 75.0 6.0 114 117 C 4.7 H 4.8 4.8 40.2 4.8 118 137 H 4.8 H 5.5 5.8 5.6 9.6 138 141 * 2.0 P 2.5 57.8 2.5 5.5 142 144 C 4.8 H 5.7 29.8 6.0 5.3 145 159 - 4.3 M 4.8 75.0 75.0 75.0 160 161 C 4.7 H 3.0 5.0 2.5 5.5 163 168 C 4.6 H 3.2 2.8 4.3 2.7 172 179 C 4.7 H 5.9 5.0 23.6 5.6 180 184 * 2.5 P 19.8 34.3 47.2 6.2 185 211 H 4.9 H 4.4 4.1 4.4 3.7 214 216 C 5.0 H 2.3 4.0 1.0 3.7 217 226 H 5.0 H 4.2 4.5 4.7 4.3 227 232 C 4.9 H 17.3 5.5 6.1 5.5 234 237 H 4.3 M 5.5 6.2 4.8 5.2 238 243 * 2.5 P 29.5 63.8 5.2 7.2 >>>>>>