Reading input alignment file to find conserved blocks of secondary structure The input structure based alignment from Comparer _____________________________________________ >P1;d1okca- CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHCCCCC--------HHHCCCCHHHHHHHHHHHHCHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCC----CCCCCCCCHHHHHHHHHHHHC-CCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCC----HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHCC-CC---CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC-------------- >P1;d2lcka- ----CCCHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHCC-----CCCCCCCHHHHCCCCCCCCHHHHHHHHHHHCCCHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHCCC--CCCC---CHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHCCCCCCCCC-----CCCHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC-CCCCCC----CCCCCCHHHHHHHHHCCCHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHCCC PSA >P1;d1okca- 9a76556826760523240344102210000010003005306--------7972085393047202820879013100601343243236127645772466417c0667855853270115020314311156001110000000001157----996130561a40365068526-7003302900251344423234643493699a399a9----a85735331704340346101230011000000316cb53208728203640476168-01---54007011332562262457489-------------- >P1;d2lcka- ----865a76734561645483456245445134-----a67aa44a57a688759a979a467763866479146867a546842845466187555526950678--98a7---66a714940691058115952696125724453694ac889-----735984155831993688106422932655254416330833357266368ab4997867735a747a569656a55555466265-768b18----a4897ba36782588673784887c67477637835881562736667964a599337515a Translating the sequences ****HHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHH*****CCCC--------HHHCCCCHHHHHHHHHHHHCHHHHHCC*HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC**CCCC***HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCC----*****CCCHHHHHHHHHHHHC-******HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCC----HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*HCCCCC****CCCCCHHHHHHHHHHHHC*-**---C**HHHHHHHHHHHHHHHHHHH*-------------- ----***HHHHHHHHHHHHHH*CHHHHHHHHH**-----CCCC***********CCCCHHHHHHHHHHH*C*HHHHCCHHHHHHHHHHHHHH***HHHHHHHHH*CC--CCCC---*HHHHHHHHHHHHHHHHHH**HHHHHHHHHHHCCCCC****-----CCCHHHHHHHHHHHHC*HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCC****HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*-*CCCCC----CCCCC*HHHHHHHHH**CH*HH***CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH************** 103506.tem _________________________________ ----HHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHH-----CCCC--------HHHCCCCHHHHHHHHHHHHCHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC--CCCC---HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCC---------CCCHHHHHHHHHHHHC-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCC----HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HCCCCC----CCCCCHHHHHHHHHHHHCH-HH---CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-------------- Structural block scores 0 3 - 3.0 P 8.1 75.0 4 21 H 4.6 H 4.0 5.5 23 33 H 4.6 H 0.5 3.9 34 38 - 3.0 P 0.6 75.0 39 42 C 5.0 H 3.5 8.5 43 50 - 3.0 P 75.0 7.2 51 53 H 3.0 P 7.7 7.7 54 57 C 5.0 H 3.8 8.4 58 69 H 4.8 H 3.3 6.6 71 75 H 4.6 H 4.0 5.4 76 77 C 5.0 H 0.5 7.0 78 104 H 4.6 H 3.7 5.3 105 106 C 5.0 H 9.8 7.5 107 108 - 3.0 P 3.0 75.0 109 112 C 5.0 H 6.5 8.6 113 115 - 3.0 P 6.0 75.0 116 147 H 4.8 H 1.5 4.7 148 152 C 5.0 H 2.8 6.5 153 161 - 3.0 P 36.4 45.8 162 164 C 5.0 H 3.7 5.0 165 176 H 5.0 H 4.2 5.4 179 208 H 4.6 H 3.5 3.9 209 215 C 5.0 H 8.6 7.0 216 219 - 3.0 P 75.0 8.2 220 247 H 4.9 H 3.1 6.0 250 254 C 5.0 H 0.8 6.9 255 258 - 3.0 P 8.8 75.0 259 263 C 5.0 H 4.0 7.7 264 275 H 4.5 M 3.6 6.8 279 280 H 3.0 P 0.5 6.0 281 283 - 3.0 P 75.0 9.2 285 306 H 4.7 H 3.7 5.5 307 320 - 3.0 P 75.0 6.2 >>>>>>