Reading input alignment file to find conserved blocks of secondary structure The input structure based alignment from Comparer _____________________________________________ >P1;d1rh5a- CCCHHHHHHCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCC-CCC--------CCCCCHHHHHCCCC--CCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCC--CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCC---CCC-------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC-----------CCHHHHHHHHCC------------CCCCCHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHCCCEEEEECCC------------CCCCCCCCEEEEECCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCHHHCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHCC-----------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-------CCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCC--- >P1;d5awwy- -CHHHHHHHH-------HCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHCCCCHHHHCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHCCHHHHHH--------------HHHHHHHH---------------CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCEEEEEEECCCEEECCEEECC-----CEEEEEEECCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCC--CHHHHH---------HHHHCCCCC------------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-CCHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC >P1;d6z3ta- ---------------------CCHHHHHHHHHHHHHH-CCCCCCCC-------CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC--CCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHCC--------------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC-------------------------CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHC---CCHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHCCEEEECCEECC------------CCCCCCCEEEECCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCC----------CCHHHCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHCCEECCCCCC-CCCCHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCC-------CCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHC----- PSA >P1;d1rh5a- 5a54651871753981a9b16175158408603650361076807163a-645--------95192032100020--20300000101100203003400377491617--5862672175321230251053006100700004---556-------88127301430071014002111204210054023000000053427761429-----------903354257157------------6b9358732201501650573048016334556556------------b78a95585733210102130010010200021040112356672620608c840665702501131646559756603640372027101300513050412016420864a-----------577417614661441056003200500030032-------0010101000011116452622356269--- >P1;d5awwy- -179057214-------82662584173068116604810554050012950370075b50800600200001004300200000002010205176417647724822765a706631645036704720361052002100034b040048b2834780371026103700460060022055602250210002200233184237--------------72535186---------------76186711670671177147505723652450602484757c984606-----a64424022108105000200030042015000409--488319---------505620035------------8401730151027203620584-251873154087890103b39589502730541026105700421051044005205717151300000000010205141347135727868 >P1;d6z3ta- ---------------------9a63861553078117-60567297-------a68a36406315422320021--65100020061066006735898988--------------aa2465127400630285067358-------------------------786069203500420251557---304220005005442683261383b57d8146013043036626844976983685045159410353171076036205720a4545150414a------------793777534031010402100430074515512721773699558----------843641631547a194b4580475058312840173055407839430740156068682315388a-9402720454048104500410041005006-------51006601000000006453655578a----- Translating the sequences *C*HHHHHH*********C**HHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCC*-***--------CCCCCHHH**CCC*--CCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHC*******--C***HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*CCC*---CCC-------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC-----------CCHHHHHHHHCC------------CCCCCHHHCHHHHHHHHHHHHHHHH*CCEEEEEC*C------------**CCCCCCEEEEECCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC**CCCC**********CC*HH*CCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHH**-----------*HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-------CCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHH*C**--- -C*HHHHHH*-------*C**HHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCC********CCCC******HHHCCCC****CCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHC*********C***HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*CCC****CCC*******HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHH**HHHHHH--------------*HHHHHHH---------------CCCC*HHH*HHHHHHHHHHHHHHHHH*CEEEEE*ECCC**********-----C**EEEEECCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHH****C--C*****---------*HHHCCCCC------------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-CCHHHHHHHHHHCC**CCCCCC*HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH******CC***C*HHHHHHHHHHHHHHHHHHH****** ---------------------**HHHHHHHHHHHHHH-*CCCCCCC-------***CCCC*CCCCC***CCCCC--*CCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHH*C--------------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*-------------------------***HHHHHHHHHHHHHHHHH*---C*HHHHHHHHHHHHHHH***CC***********CC*HHHHHHHCC*************CCCC***C****HHHHHHHHHHHHHCCEEEE*CE*CC------------CCCCCC*EEEECCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH***CCCC----------CCHHHCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH***CCCHHHHHHHHHHCC**CCCCCC-****HHHH****HHHHHHHHHHHHHHH****-------CCCCCCC*HHHHHHHHHHHHHHHHHHC----- 103491.tem _________________________________ -C*HHHHHH*-------*C**HHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCC*-******CCCC*CCCCCHHHCCCCC*-*CCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHC*******--C***HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*CCC*---CCC-------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC-----------CCHHHHHHHHCC------------CCCCCHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCEEEEECECCC------------CCCCCCEEEEECCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC**CCCC**--------CCHHHCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHCC**CCCCCC*HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH------CCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC**--- Structural block scores 3 8 H 4.0 M 5.2 4.0 75.0 10 16 - 4.0 M 6.2 75.0 75.0 19 20 * 2.7 P 3.5 6.0 75.0 21 38 H 4.8 H 3.8 3.9 9.0 39 47 C 4.8 H 4.2 2.2 20.7 50 55 * 2.7 P 40.0 2.5 41.6 56 59 C 4.0 M 75.0 7.1 5.9 61 65 C 4.0 M 5.2 2.8 3.8 66 68 H 4.0 M 1.7 0.7 2.3 69 73 C 4.4 M 0.6 0.2 1.0 77 84 C 5.0 H 0.6 0.2 1.0 85 100 H 4.9 H 1.1 2.6 5.1 102 108 * 2.7 P 5.0 4.6 75.0 109 110 - 4.0 M 75.0 6.5 75.0 112 114 * 2.7 P 5.3 5.8 75.0 115 139 H 4.9 H 2.8 3.2 7.2 141 143 C 4.0 M 0.0 0.0 75.0 145 147 - 4.0 M 75.0 5.2 75.0 148 150 C 4.0 M 5.3 1.3 75.0 151 157 - 4.0 M 75.0 5.8 75.0 158 185 H 4.6 H 2.3 2.9 21.5 186 189 C 4.2 M 2.2 2.2 57.0 190 208 H 4.7 H 2.3 2.1 2.8 209 210 C 4.0 M 5.5 75.0 2.0 211 221 - 4.0 M 75.0 75.0 6.1 222 223 C 4.0 M 4.5 41.0 2.0 224 231 H 4.8 H 3.8 13.1 3.0 232 233 C 4.0 M 6.0 75.0 7.0 234 245 - 4.0 M 75.0 75.0 5.8 246 250 C 4.6 H 6.9 5.6 4.8 251 253 H 4.0 M 6.0 3.0 1.7 255 271 H 4.7 H 2.8 4.1 3.2 272 273 C 4.5 M 4.5 5.5 7.2 274 278 E 4.8 H 4.6 3.4 4.0 281 283 C 4.0 M 52.0 5.3 5.2 284 295 - 4.0 M 64.0 17.9 75.0 296 301 C 4.2 M 7.6 40.9 6.7 302 306 E 4.8 H 4.0 2.4 3.0 307 312 C 5.0 H 0.8 2.0 1.0 313 333 H 4.8 H 1.0 1.2 3.0 335 336 * 2.7 P 6.0 75.0 7.5 337 340 C 4.2 M 4.2 5.8 6.8 341 342 * 2.7 P 3.0 5.0 75.0 343 350 - 4.0 M 5.6 75.0 75.0 351 352 C 4.0 M 6.0 40.0 6.0 353 355 H 4.7 H 2.3 3.7 4.3 356 368 C 4.3 M 4.1 46.9 5.2 369 394 H 4.7 H 2.7 14.2 4.0 395 397 C 4.7 H 1.0 27.3 5.3 398 407 H 4.7 H 11.7 4.4 3.7 408 409 C 4.0 M 75.0 8.5 7.0 410 411 * 2.7 P 75.0 0.5 2.5 412 417 C 4.0 M 75.0 5.2 5.9 419 450 H 4.6 H 2.8 2.7 4.8 451 456 - 4.0 M 75.0 3.5 75.0 457 463 C 4.3 M 11.0 1.3 2.6 464 482 H 4.9 H 2.4 1.9 2.9 484 485 * 2.7 P 7.5 4.5 75.0 486 488 - 4.0 M 75.0 7.3 75.0 >>>>>>