Reading input alignment file to find conserved blocks of secondary structure The input structure based alignment from Comparer _____________________________________________ >P1;d1v9ma- ---------CHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHCCCC-HHHHHHHHHCCHHHHHC-CCC----CHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHCC-CCCCCCCHHHHHHHHHCCCHHHHH-HHHHCCCCHHHHHHHHHHC---CCC--CHHHHHHHHHHHHHHHHHC-----------CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCC-CCC---HHHCCCCCCCCCCHHHHHHHHC-----CCHHHHHCCCCCCCHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHCCCC >P1;d6m0rb- CHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHCCCCHHHCCCCCHHHHCCCCHHHHHHHCCCC--CCCHHHHHHHCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHCCCCCCCCC-CCCHHHHHHHCCCCHHHHHHHHCCCC--CCCCCCCCC---CHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC-CCCCHHHCCCCC PSA >P1;d1v9ma- ---------3a6004305813c510869007600517-16500620582300b20-949----5073023002500652001006208b90371042001100010001003134695428402-000010724005502819547300-9204929020072053018---518--6333000200241048178-----------9319502100000000000010194-c27---2760008b05206482033007-----4435003508b1304c058146362022402211170056048459410000000010110000012002104594749704610519 >P1;d6m0rb- 851681686217009301622920058a504600718714403940470706c1079086a606392056301430182055026507c30450031001120030003002011593967502a503500419402402833607501670059--14026007603827a705582054032001140035028105730761026103500201002200410281294aa375960540005105-045a11660050b8486048006a29--506510697---81433025200320450074630000000001012000300230030057a-63a807500112 Translating the sequences ---------*HHHHHHHHHHH*CCCCHHHHHHH*CCC-HHHHHHHHHCCHHHHHC-CCC----CHHHHHHHHHHHHHHH***HHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHH**-CCC***CHHHHHHHHHCCCHHHHH-HHHHC**CHHHHHHHHHHC---CCC--*HHHHHHHHHHHHHHHHH*-----------*HHHHHHHHHHHHHHHHHHHH***C-CCC---HHHCCCCCCC*CCHHHHHHHHC-----**HHHHHCCC**CCHHHCCCC***HHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC*CHHHHHHHCCCC *********HHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHCCC*HHHHHHHH*CC*****C*CCC****CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC*HHHHHHHH**HHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHH*CCCHHHC****HHHH*CCCHHHHH*H***C--C**HHHHHHH*C***CCC**HHHHHHHHHHHHHHHHHHH***********HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC*CCC***H**CCCCCCC-CC*HHHHHHHC*****HHHHHH*CCC--CC***CCCC---*HHHHHHHHHHHHHHHH**CCCCC*HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*C-C***HHH*CCCC 103486.tem _________________________________ ---------HHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHCCC-HHHHHHHHHCCHHHHHC-CCC----CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHH-CCCHHHCHHHHHHHHHCCCHHHHH-HHHHC--CHHHHHHHHHHC---CCC--HHHHHHHHHHHHHHHHHHH-----------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC-CCC---HHHCCCCCCC-CCHHHHHHHHC-----HHHHHHHCCC--CCHHHCCCC---HHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC-CHHHHHHHCCCC Structural block scores 0 8 - 3.0 P 75.0 5.4 9 21 H 4.7 H 4.3 3.2 22 25 C 5.0 H 3.5 1.8 26 33 H 4.8 H 3.5 4.2 34 36 C 5.0 H 4.3 5.3 38 46 H 4.8 H 2.8 3.2 47 48 C 5.0 H 5.0 3.5 49 53 H 3.0 P 3.3 5.3 56 58 C 5.0 H 7.3 5.7 59 62 - 3.0 P 75.0 5.6 64 85 H 4.7 H 2.0 3.2 86 87 C 5.0 H 4.0 3.5 88 114 H 4.8 H 1.9 1.6 115 118 C 5.0 H 6.0 6.5 119 123 H 4.2 M 3.2 4.0 125 127 C 5.0 H 0.0 2.7 128 130 H 3.0 P 0.3 1.7 132 140 H 3.9 M 2.9 3.3 141 143 C 5.0 H 5.0 4.0 144 148 H 5.0 H 2.8 2.6 150 153 H 3.5 M 3.8 3.0 155 156 - 3.0 P 5.5 75.0 158 167 H 4.4 M 2.0 2.8 169 171 - 3.0 P 75.0 6.5 172 174 C 5.0 H 4.7 4.0 175 176 - 3.0 P 75.0 6.5 177 195 H 4.8 H 2.7 2.1 196 206 - 3.0 P 75.0 2.9 207 230 H 4.7 H 1.7 2.0 233 235 C 5.0 H 7.2 6.8 236 238 - 3.0 P 75.0 6.7 239 241 H 3.7 M 5.0 3.0 242 248 C 5.0 H 3.5 1.6 250 251 C 5.0 H 3.0 2.0 252 259 H 4.8 H 2.5 3.7 261 265 - 3.0 P 75.0 6.3 266 272 H 4.1 M 2.7 3.4 273 275 C 5.0 H 4.3 7.2 276 277 - 3.0 P 6.2 75.0 278 279 C 5.0 H 1.5 2.5 280 282 H 3.0 P 5.5 4.0 283 286 C 5.0 H 4.5 5.5 287 289 - 3.0 P 5.0 75.0 290 308 H 4.7 H 2.5 2.6 309 313 C 5.0 H 4.6 2.6 314 339 H 4.8 H 0.7 1.0 343 349 H 3.9 M 4.4 4.8 350 353 C 5.0 H 3.8 1.0 >>>>>>