Reading input alignment file to find conserved blocks of secondary structure

The input structure based alignment from Comparer
_____________________________________________

>P1;d1rh5b-
CCHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC--

>P1;d3dind-
C-HHHHHHHHHHHHCCCCCC-CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC
PSA

>P1;d1rh5b-
a7a9557556879879a578977566477679885789768777854568577688--

>P1;d3dind-
a-a8377777695686a87b-778767868655477676668678a74576788a59a


Translating the sequences
C*HHHHHHHHHHH*CCCCCH*HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*--
C-HHHHHHHHHHHHCCCCC*-*HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH**

103456.tem
_________________________________
C-HHHHHHHHHHHHCCCCCH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH--




Structural block scores
2	13	H	4.8	H	  7.0  6.9

14	18	C	5.0	H	  7.7  7.9

21	55	H	4.9	H	  6.7  6.7

56	57	-	3.0	P	  75.0  9.8

>>>>>>