Reading input alignment file to find conserved blocks of secondary structure

The input structure based alignment from Comparer
_____________________________________________

>P1;d1t3ua-
-CEEEEECCEEEEECCCCCCHHHHHHHHHHHHHCC-CCHHHCCCCCHHHHHC-CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC-------------

>P1;d4p1ma-
CEEEEEECCEEEEEECCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCC
PSA

>P1;d1t3ua-
-7041623776574906aa5499345407422824-8248598297a97178-168516736767677858677877565664775687887a-------------

>P1;d4p1ma-
85150801c684648046a74a717861752372066049629399266047306844674775656798877855675656777775777757856786adbabd


Translating the sequences
-*EEEEECCEEEEE*CC***HHHHHHHHHHHHH**-**HHH*CCCCHHHHH*-*HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*-------------
*EEEEEECCEEEEEECCHHHHHHHHHHHHHHHHHH*HHHHHHCCCCHHHHHH*HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*************

102829.tem
_________________________________
-EEEEEECCEEEEEECCHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHCCCCHHHHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-------------




Structural block scores
1	6	E	4.7	H	  3.3  3.2

7	8	C	5.0	H	  5.0  6.8

9	14	E	4.7	H	  6.3  6.0

15	16	C	5.0	H	  3.0  2.0

17	34	H	4.4	M	  5.2  5.2

36	41	H	4.0	M	  6.0  4.5

42	45	C	5.0	H	  6.5  7.5

46	51	H	4.7	H	  7.1  4.2

53	92	H	4.9	H	  6.3  6.2

93	105	-	3.0	P	  75.0  9.1

>>>>>>