Reading input alignment file to find conserved blocks of secondary structure The input structure based alignment from Comparer _____________________________________________ >P1;d1rcua- -----CEEEEEECC-----C-CCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCCEEEECCC-CCC-CHHHHHHHHC-----CCCEEEEECCCC-----CCCCCCCEEEECCCCCCCHHHHHCCCCEEEEECCC-----HHHHHHHHHHHHC-------CCCEEEECCCC--HHHHHHHHHCCC---CCCCCCCCCCCEEEECCHHHHHHHHHCC >P1;d1t35a- -----CEEEECCCC-----CCC----CCCHHHHHHHHHHHC-CCCCCEEEECCCCCCC-CHHHHHC-CC-----CCCEEEC-CCCCCHHHHC-CCCCCEECCCCC-CHHHHCC-CCCCEEEE-CCC-----HHHHHHHHHHHHCCCCC-CCCCCEEEEC-HH--HCCCC---CCHHHHHCCCCCCCHHHHEEEECCHHHHHHCCCC- >P1;d1weha- -----CEEEEECCC-----CCCCC----CHHHHHHHHHHHHHHHCCCEEEECCC-CCC-CHHHHHHHHC-----CCCEEECCCHHHCCCCCCCCCCCCEECCCCCHHHHHHHHHHHEEEEEECCCC-----HHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCEEEC---------HHHHHCCCCC-CC--CCHHHHCCCEECCCHHHHHHHHHCC >P1;d2nx2a1 -----CEEEEEECCHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCEEEECCCCCHHHHHHHHHHCCCCCCCCCEEEEEECCC--CCCCCCC---------HHHHHHHHHHHHHCCEEEECCCCCCCCHHHHHHHHHHHHH-------HCCEEEEECCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHH--------CCCEEEECHHHHHHHHHC >P1;d2q4oa- CCCCCCEEEEECCC-----CCC----CCHHHHHHHHHHHHHHHHCCCEEEECCCCCCC-CHHHHHHHHC-----CCCEEEEEECC----------CCCEEEEECC-CHHHHCC-CCCCEEEECCCC-----HHHHHHHHHHHHHHHHC-CCCCCEEEEC-HH--HCCHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHCCEEEECCHHHHHHHHHC- >P1;d3quaa- ---CCCEEEEECCC-----CCC-----CHHHHHHHHHHHHHHHHCCCEEEECCCCCHHHHHHHHHHHHC-----CCCEEEEEEHHHCCCCCC-CCCCCEEEEECC-CCCHHHHHHHCCEEEECCCC-----HHHHHHHHHHHHHHHCC-CCCCCEEEEC-CC--CCCHHHHHHHHHCCCCCCCCHHHHHCCEEECCC-CHHHHHCC- PSA >P1;d1rcua- -----440000005-----6-51876402714a401500320074913001303-300-2000200441-----934010000783-----90073026345165955004400630600000007-----7600300510062-------42200001707--130350077035---9410488432402306508400610569 >P1;d1t35a- -----911211127-----968----c58116611440042-0759110016174600-1210610-a5-----c140100-44b29a9646-81806522418c-a637635-73051100-029-----bb04740732167127b-9943201101-06--33067---7367417498487523801141570650173794- >P1;d1weha- -----610000025-----91659----48318402300200031901000300-500-1000400363-----9350000004742782952073037344076575107300930100000116-----ab0351054006325548c50530001---------4503b61738-bb--5468029204404546201600641 >P1;d2nx2a1 -----7300000031711607756186073023002630461077a0430000021000000020006129736a0301010004--6125a25---------8522810670286046440237644648604750053005-------60600000015a4473056017104835686--------804033023751641567 >P1;d2q4oa- 99070820001129-----956----a7841271046006002616010014189800-1300510475-----93400002277----------8255633286-8532531-72020000001a-----b9036105200531468-61b3200001-06--2407a2377055118598277914720210660650075026- >P1;d3quaa- ---66300000004-----848-----686038004600330053801000000520000100610285-----a140000006812a7161-087054223177-5901820483010000000a-----aa035104510623356-71a3300000-22--4408b2087059227798257711750432770-40073024- Translating the sequences -----CEEEEE*CC-----C-C*****CHHHHHHHHHHHHHHHHCCCEEEECCC-CCC-CHHHHHHHHC-----CCCEEEEECCC*-----C*CCCCCEE***CC*C**HHHHH**CCEEEE*CCC-----HHHHHHHHHHHH*-------CCCEEEEC***--***HHHHHH***---CCCCC*****C*EEECCHHHHHHHHHC* -----CEEEE*CCC-----CCC----*C*HHHHHHHHHHH*-**CCCEEEECCCCCCC-CHHHHH*-*C-----CCCEEE*-CCC******C-CCCCCEE***CC-CHHHH**-**CCEEEE-CCC-----HHHHHHHHHHHH****C-CCCCCEEEEC-**--*CC**---**HH***CCCCC**HH***EEECCHHHHHH***C- -----CEEEEECCC-----CCC**----*HHHHHHHHHHHHHHHCCCEEEECCC-CCC-CHHHHHHHHC-----CCCEEE**C********C*CCCCCEE***CC**HHHHHHH****EEEECCCC-----HHHHHHHHHHHH****C*CCCCCEEE*---------HHHHH*****-*C--CC**HH*C*EE*CCHHHHHHHHHC* -----CEEEEE*CC*****CCC******HHHHHHHHHHHHHHH*CCC*EEE*CCCCC***HHHHHHH*C*****CC*EEEEECCC--****C*C---------****HHHHHHH**CCEEEECCCC*****HHHHHHHHHHHH-------*CC*EEEEC******CCHHHHHH*HH*****--------C**EE***HHHHHHHH** *****CEEEEECCC-----CCC----*CHHHHHHHHHHHHHHHHCCCEEEECCCCCCC-CHHHHHHHHC-----CCCEEEEE*CC----------CCCEE***CC-CHHHH**-**CCEEEECCCC-----HHHHHHHHHHHH****C-CCCCCEEEEC-**--*CCHHHHHH*HH***CCCCC**HH*C*EEECCHHHHHHHHHC- ---**CEEEEECCC-----CCC-----CHHHHHHHHHHHHHHHHCCCEEEECCCCC****HHHHHHHHC-----CCCEEEEE*********C-CCCCCEE***CC-C**HHHHH**CCEEEECCCC-----HHHHHHHHHHHH****C-CCCCCEEEEC-**--*CCHHHHHH*HH***CCCCC**HH*C*EEECC*-*HHHHH*C- 102405-2.tem _________________________________ -----CEEEEECCC-----CCC**--*CHHHHHHHHHHHHHHHHCCCEEEECCCCCCC-CHHHHHHHHC-----CCCEEEEECCC******C*CCCCCEE***CC*CHHHHHHH**CCEEEECCCC-----HHHHHHHHHHHH****C-CCCCCEEEEC-**--*CCHHHHHH*HH***CCCCC**HH*C*EEECCHHHHHHHHHC* Structural block scores 0 4 - 4.3 M 75.0 75.0 75.0 75.0 5.0 47.4 6 10 E 4.9 H 0.8 1.2 0.2 0.6 0.6 0.0 11 13 C 4.7 H 1.7 3.3 2.3 1.0 4.0 1.3 14 18 - 4.5 M 75.0 75.0 75.0 3.2 75.0 75.0 19 21 C 4.8 H 28.7 7.7 5.3 4.7 6.7 6.7 22 23 * 3.4 M 4.5 75.0 7.0 5.5 75.0 75.0 24 25 - 4.1 M 6.5 75.0 75.0 4.5 75.0 75.0 28 43 H 4.8 H 2.9 7.5 2.4 2.8 2.9 2.9 44 46 C 5.0 H 4.7 5.0 3.3 5.8 2.3 3.7 47 50 E 4.9 H 1.0 0.5 0.2 1.8 0.5 0.2 51 57 C 4.6 H 12.0 3.4 11.9 0.4 4.3 1.0 60 67 H 4.8 H 1.2 11.9 1.6 1.0 2.5 2.2 69 73 - 4.5 M 75.0 75.0 75.0 5.4 75.0 75.0 74 76 C 4.8 H 5.3 5.8 5.7 4.5 5.3 5.2 77 81 E 4.7 H 0.2 15.2 0.0 0.4 0.4 0.0 82 84 C 4.1 M 5.0 6.5 3.7 1.3 5.3 4.7 85 90 * 2.8 P 63.0 6.8 5.3 27.3 75.0 4.6 93 97 C 4.5 M 2.4 4.6 2.6 61.0 33.0 4.0 98 99 E 4.5 M 4.5 3.5 5.0 75.0 5.5 3.0 100 102 * 1.9 P 3.3 2.3 2.7 75.0 2.7 2.0 103 104 C 4.5 M 5.5 10.2 6.5 6.5 7.0 7.0 107 113 H 4.4 M 1.9 15.0 2.3 3.4 13.4 3.4 114 115 * 1.0 P 4.5 5.0 6.0 7.0 4.5 5.5 116 117 C 4.5 M 3.0 2.5 0.5 2.0 1.0 0.5 118 121 E 5.0 H 0.0 0.5 0.0 3.5 0.0 0.0 122 125 C 4.8 H 1.8 21.5 2.0 4.5 2.9 2.6 126 130 - 4.5 M 75.0 75.0 75.0 5.2 75.0 75.0 131 142 H 5.0 H 2.3 4.8 3.8 2.9 3.5 3.8 143 146 * 2.5 P 56.8 4.2 3.8 75.0 3.5 3.2 149 153 C 4.6 H 31.6 5.4 5.1 17.4 4.7 4.9 154 157 E 4.9 H 0.0 0.5 0.2 0.0 0.0 0.0 160 161 * 1.9 P 3.5 3.0 75.0 7.8 3.0 2.0 162 163 - 4.5 M 75.0 75.0 75.0 4.0 75.0 75.0 165 166 C 4.2 M 1.5 1.5 75.0 1.5 2.0 2.0 167 172 H 4.4 M 3.7 40.8 4.9 3.3 6.1 6.1 174 175 H 4.1 M 4.0 6.5 5.0 6.0 5.0 7.0 176 178 * 2.2 P 75.0 4.0 31.5 4.7 3.3 3.7 179 183 C 4.4 M 3.6 6.6 34.1 47.8 6.2 6.2 184 185 * 1.9 P 8.0 6.0 7.0 75.0 8.0 7.0 186 187 H 4.2 M 3.5 2.5 1.0 75.0 2.5 1.0 191 193 E 4.7 H 1.7 2.0 2.7 2.3 1.0 3.0 194 195 C 4.5 M 5.5 6.0 4.5 1.5 6.0 7.0 196 204 H 4.6 H 2.7 4.2 2.8 3.8 2.8 10.1 >>>>>>