Reading input alignment file to find conserved blocks of secondary structure The input structure based alignment from Comparer _____________________________________________ >P1;d1un8a1 CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC--CCC---HHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHCC-------CCHHHHHHHHHHHHHHHHH------CCCCCCCCCHHHCCCCCC-CHHHHHHHHCCC-- >P1;d3cr3a1 ----------------CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHCCCCCCCCCCCC-CCC-CCC-CHHH--HCCCCCHHHHHHHHC-CC-CCCCCCHHHHHHHHHHC-CCHHH--CCCC---HHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCC-CHHHHHHHHHHHC-----------CCCCHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHC- >P1;d3pnlb1 ----------------CEEHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHCH--HHCCCCHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCEECHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCC PSA >P1;d1un8a1 baaa98a9a7b828392494a813941533052228239502701667691610421030051014106694001663020130004303620bb9306321202620063067--917---51502230063028538274a6241000021007205866-------a427301730340056007------70a57cb84761010101-002114110746-- >P1;d3cr3a1 ----------------7073940450083157213735a40281164004341051-150-531-7319--93b0a6015007400-11-840b5810631110042-06206--8325---126006101710374670856103-0100130072157-----------a6046a3057107703935043a71283888058421050100010000015018- >P1;d3pnlb1 ----------------4041710140043008105831a501511650052400610350054038606--913953004005300500461099910320000033006107846406062014004300700365570776002001004301510350166a37046006500740481077038140749502738890473110100001000210150076 Translating the sequences ****************CCC*HHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHH***CCCCCHHHHHHHHHHHHH**CC**HHHHHHHHHHHHHHHHHC--CCC---HHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHH**-------**HHHHHHHHHHHHHHHHH------************CC****-*HHHHHHHH***-- ----------------CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHH**CCCCCC****-***-***-*HHH--HCCCCCHHHHHHHH*-**-CCCCCCHHHHHHHHHH*-**HHH--CCCC---HHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCC-*HHHHHHHHHHH*-----------****HHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHC- ----------------C**HHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHH*CCCCCHHHHHHHHHHHHHHH*H--H*CCCCHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHH*C*C**C***HHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHH***********HHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHC* 101473.tem _________________________________ ----------------CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHH--HCCCCCHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHC-CCCC---HHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHH**-------**HHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHC- Structural block scores 0 15 - 4.0 M 8.7 75.0 75.0 16 18 C 4.3 M 5.0 4.7 2.7 19 35 H 4.9 H 4.1 3.6 2.5 37 45 H 4.8 H 3.7 4.2 3.4 46 51 C 4.8 H 5.8 2.5 2.7 52 68 H 4.1 M 1.7 15.7 2.8 69 70 - 4.0 M 7.5 75.0 75.0 72 76 C 4.8 H 2.6 6.2 4.2 77 89 H 4.6 H 1.5 13.0 1.6 90 95 C 4.3 M 6.7 6.1 5.7 96 112 H 4.7 H 2.5 6.4 1.5 115 118 C 4.2 M 23.0 4.5 4.0 119 121 - 4.0 M 75.0 75.0 2.7 122 137 H 5.0 H 2.8 2.8 2.4 138 146 C 4.9 H 4.9 11.7 3.2 147 159 H 4.8 H 1.9 2.1 1.8 160 161 * 2.7 P 6.0 75.0 0.5 162 168 - 4.0 M 75.0 75.0 5.2 169 170 * 2.7 P 7.2 75.0 3.0 171 187 H 4.8 H 2.8 4.6 3.5 188 193 C 4.0 M 75.0 4.2 4.2 194 202 H 4.0 M 7.3 5.0 4.7 203 207 C 4.4 M 3.0 4.0 3.2 208 224 H 4.5 M 6.1 0.8 0.6 >>>>>>