Reading input alignment file to find conserved blocks of secondary structure The input structure based alignment from Comparer _____________________________________________ >P1;d1ux5a- CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHCCCCCCCCCHHHHHHHHHHCHHHCCCCHHHHHHHHHCCCHHHHCCHHHHHHCCCHHHHCCCHHHHHHCHHHCCCCCCCCCHHHCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHCCCCCCCCHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHCCCCCCHHHHHHCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHCHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCC------------ >P1;d1v9da- -----------------------------------------------------------------CCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHH-CCCHHHHHHHHHHCCCCCC-CHHHHHHHH---HHCCC---HHHHHHHH---------CCHH----HHHHCCHHHHHHHHHHCCC--CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHCC----------------------CCHHHHHHCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHCCCHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH----CCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCC-CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC PSA >P1;d1ux5a- b4173978267897a87a747c486458776871754676742785296623956a87178677369351206a812820a7307307a27186005200204860062780080023870270688247405403170582955950837664486023201000300000550040005003102216641650274045037006104708103301710272539547a9644b717042086057643b8881100050023016656822601840620270391402601530780365046027107645026662001304027304610560472065047306703760360054091719578114100620050064047027505741766667977------------ >P1;d1v9da- -----------------------------------------------------------------b483400699218606810892-8171750130003045930-648105502---81005---67008603---------726a----4398028001000100305--4033006001022209721780454051021004205808213617----------------------b8046156560a6881130164026126965708600860730550060427805740680674043035307----7049496a4140483067108604640860383066046306500641a2418-83403610470151051046016305634754555664778767778788 Translating the sequences *****************************************************************CCCCCCCCHHHHHHHHHH*HHH*CCCHHHHHHHHH*CCHHHH*CHHHHHH*****HHCCC***HHH*HHH**********HH**********CCHHHHHHHH**CCC**CHHHHHHHHHHH**HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHH**********************HHHHH***CCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHCHHHHHH**CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH****CCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCC*HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH***------------ -----------------------------------------------------------------CCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHH-CCCHHHHHHHHHHCC****-CHHHHHHHH---HHCCC---HHHHHHHH---------**HH----HHHHCCHHHHHHHHHHCCC--CHHHHHHHHHHHHHHHHHHH**HHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHH**----------------------**HHHHHHCCCCCCCCCHHHHHHHHHHH*C*****HHHHC**HHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH----CCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCC-***HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH************ 101447.tem _________________________________ -----------------------------------------------------------------CCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHH-CCCHHHHHHHHHHCCHHHH-CHHHHHHHH---HHCCC---HHHHHHHH---------HHHH----HHHHCCHHHHHHHHHHCCC--CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHH----------------------HHHHHHHHCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHCHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH----CCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCC-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH------------ Structural block scores 0 64 - 3.0 P 6.3 75.0 65 72 C 5.0 H 4.0 4.6 73 86 H 4.9 H 4.4 4.9 88 90 C 5.0 H 6.5 5.3 91 100 H 4.8 H 2.4 2.0 101 102 C 5.0 H 2.0 2.0 103 106 H 3.0 P 3.5 4.2 109 116 H 4.5 M 3.1 3.1 117 119 - 3.0 P 6.0 75.0 120 121 H 5.0 H 1.0 4.5 122 124 C 5.0 H 4.3 1.7 125 127 - 3.0 P 6.0 75.0 128 135 H 4.5 M 3.4 3.8 136 144 - 3.0 P 4.7 75.0 145 148 H 3.0 P 5.5 6.4 149 152 - 3.0 P 5.5 75.0 153 156 H 3.0 P 5.5 6.0 157 158 C 5.0 H 1.0 1.0 159 168 H 4.6 H 0.9 1.0 169 171 C 5.0 H 0.0 2.7 172 173 - 3.0 P 5.0 75.0 175 210 H 4.8 H 2.5 2.4 211 212 C 5.0 H 3.5 4.0 213 219 H 4.4 M 2.3 4.0 220 241 - 3.0 P 5.1 75.0 242 249 H 3.8 M 4.0 5.2 250 258 C 5.0 H 5.6 5.1 259 270 H 4.8 H 1.9 3.3 272 280 H 3.9 M 4.1 4.4 282 289 H 4.0 M 3.6 3.2 290 291 C 5.0 H 2.5 2.0 292 314 H 5.0 H 3.2 3.9 315 318 - 3.0 P 3.8 75.0 319 329 C 5.0 H 2.7 5.3 330 365 H 5.0 H 3.3 3.6 366 371 C 5.0 H 4.5 4.4 373 410 H 4.7 H 3.9 3.5 411 422 - 3.0 P 75.0 7.2 >>>>>>