Reading input alignment file to find conserved blocks of secondary structure

The input structure based alignment from Comparer
_____________________________________________

>P1;d1rsoa-
----CHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHCCCCCCCCC-----CC

>P1;d1rsob-
CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCC-----CCHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHC---CC-----

>P1;d1vf6a-
-------CHHHHHHHHHHHHHH----CCCCCHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC

>P1;d1vf6c1
-------CHHHHHHHHHHHHCCC---CCHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHC-----------

>P1;d1y74a1
--CCHHHHHHHHHHHHHHHHHH----CCC-CHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC-----

>P1;d1y74b-
----CHHHHHHHHHHHHCCCCC----------HHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCC-----
PSA

>P1;d1rsoa-
----6296138406623742662065837a63630454077154d82245155579798989-----aa

>P1;d1rsob-
8674055316652a4075335649-----545960674565155b82366146606978---99-----

>P1;d1vf6a-
-------749705653743468----955743871566265353883585587665578778768976a

>P1;d1vf6c1
-------7199337603742755---97a72487057418506689226826873876-----------

>P1;d1y74a1
--18369715730840474185----575-53a71565387175a8256516543855746987-----

>P1;d1y74b-
----136805550771495767----------b806643751457932781867567667585a-----


Translating the sequences
----*HHHHHHHHHHHHHHHH*****CC***HHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHH*********-----**
*****HHHHHHHHHHHHHHHH***-----**HHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHH*---**-----
-------*HHHHHHHHHHHHH*----CC***HHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHH***********
-------*HHHHHHHHHHHH***---CC***HHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHH*-----------
--***HHHHHHHHHHHHHHHH*----CC*-*HHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHH******-----
----*HHHHHHHHHHHH*****----------HHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHH******-----

101288.tem
_________________________________
----*HHHHHHHHHHHHHHHH**---CC***HHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHH******-----




Structural block scores
0	3	-	4.3	M	  75.0  6.2  75.0  75.0  39.8  75.0

5	20	H	4.7	H	  4.3  4.4  13.8  13.6  4.6  4.9

21	22	*	2.2	P	  4.0  5.0  41.5  5.0  40.0  41.0

23	25	-	4.4	M	  3.7  53.0  75.0  75.0  75.0  75.0

26	27	C	4.3	M	  5.5  75.0  7.0  8.0  6.0  75.0

28	30	*	2.4	P	  7.8  28.0  5.3  6.5  28.3  75.0

31	42	H	5.0	H	  3.8  4.9  4.8  4.6  5.3  10.9

44	57	H	4.8	H	  5.9  5.4  6.1  5.9  5.2  5.9

58	63	*	2.6	P	  30.7  41.8  7.2  75.0  6.8  6.9

64	68	-	4.3	M	  49.2  75.0  8.1  75.0  75.0  75.0

>>>>>>