Reading input alignment file to find conserved blocks of secondary structure

The input structure based alignment from Comparer
_____________________________________________

>P1;d1v2za1
CHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCC---CCCCCCHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC

>P1;d1w53a-
-------------CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHCC--------CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-C
PSA

>P1;d1v2za1
7496277614b728a126503720360064147b---3627606700630050107693056006401830284691a8954581572760173036508534786

>P1;d1w53a-
-------------8a317701731450135347665a9165176505650885a1332232303250145146--------a3759406715942852486088-7


Translating the sequences
*************HHHHHHHHHHHHHHHHH****---******HHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHH********HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*C
-------------*HHHHHHHHHHHHHHHHHHHH***HHHHHHHHHHHHHHH*CCCHHHHHHHHHHHHHHH**--------***HHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-C

101215.tem
_________________________________
-------------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH---HHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHH--------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-C




Structural block scores
0	12	-	3.0	P	  5.7  75.0

13	33	H	4.5	M	  4.1  4.1

34	36	-	3.0	P	  75.0  7.2

37	52	H	4.1	M	  3.2  4.8

53	55	C	5.0	H	  2.7  4.8

56	72	H	4.8	H	  3.6  2.7

73	80	-	3.0	P	  6.6  75.0

81	103	H	4.7	H	  4.2  5.3

>>>>>>